有以下區別：
1、建設用地：小產權房的建設用地一般是不歸個人所有，歸鄉集體所有，大產權房則是正規歸個人所有擁有產權。
2、是否是由國家頒發產權證書，由國家正規頒發產權證書的稱為大產權房，不是的則稱為小產權房。
法律依據：
《民法典》第二百一十條
不動產登記，由不動產所在地的登記機構辦理。國家對不動產實行統一登記制度。統一登記的範圍、登記機構和登記辦法，由法律、行政法規規定。
第二百一十七條
不動產權屬證書是權利人享有該不動產物權的證明。不動產權屬證書記載的事項，應當與不動產登記簿一致；記載不一致的，除有證據證明不動產登記簿確有錯誤外，以不動產登記簿為準。
