區別如下：
1、農村宅基地的產權確權證書，實際上確認的是農民所享有的農村宅基地的使用權而不是所有權，因為農民只是對宅基地上的房屋擁有所有權，對於宅基地只有使用權，宅基地的使用權歸農民，所有權歸集體經濟組織所有即國家所有。
2、房產證是購房者通過交易，取得房屋的合法所有權，可依法對所購房屋行使佔有、使用、收益和處分的權利的證件。即《房屋所有權證》，是國家依法保護房屋所有權的合法憑證。房屋所有者憑證管理和使用自己的房屋。房產證包括房屋所有權證和房屋共有權證，在通常意義上，房產證是房屋所有權證的簡稱，是由不動產登記機關發放的證明房屋所有權歸屬的書面憑證。與農村宅基地的確權證書是不一樣的。
法律依據：
《城市房地產管理法》第六十條
房地產轉讓或者變更時，應當向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請房產變更登記，並憑變更後的房屋所有權證書向同級人民政府土地管理部門申請土地使用權變更登記，經同級人民政府土地管理部門核實，由同級人民政府更換或者更改土地使用權證書。法律另有規定的，依照有關法律的規定辦理。
