需要先通過以下方式處理宅基地糾紛，再依法實施拆遷工作：
1、協商解決。
公民之間發生的宅基地糾紛，應當先通過協商的方式加以解決。
2、行政解決。
無法協商處理宅基地糾紛的，可以請鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
2、司法解決。
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以在接到處理決定通知之日起30日內，向人民法院起訴。
二、徵收宅基地的流程有哪些?
第一步：釋出擬徵地通告。
由縣或市級國土資源局在被徵收土地所在地的村、組範圍內(如果系鄉、鎮農民集體所有的土地，還應在鄉、鎮)釋出徵地通告，以書面形式告知被徵土地的村集體經濟組織和村民：徵地範圍、面積、補償方式、補償標準、安置途徑以及徵地用途等。
第二步：徵詢村民意見，並組織聽證。
由縣或市級國土資源局會同所在的鄉鎮政府，就徵地通告的內容徵詢村集體經濟組織和農民的意見，有不同意見的應記錄在案，根據村委會或村民提出的意見分別處理並協調解決。對補償標準、安置途徑、補償方式有異議的，應告知被徵地相對人有權提出聽證申請。
當事人申請聽證的，應按照《國土資源聽證規定》規定的程式和有關要求組織聽證。(以上被徵地農民知情、確認的有關材料作為徵地報批的必備材料。)
第三步：地籍調查和地上附著物登記確認。
當地國土資源部門應委託相應資質的勘測單位，或者會同被徵收土地的所有權人、使用權人實地調查被徵土地的四至邊界、土地用途、土地面積，地上附著物種類、數量、規格等，並由國土資源部門現場填制調查表一式三份，由國土資源部門工作人員和所有權人、使用權人共同確認無誤後簽字。國土資源部門應將所有權人、使用權人簽字的材料作為報批的必備材料歸檔上報。
第四步：擬定“一書四方案”並上報審批。
由縣或市級國土資源部門根據徵詢、聽證、調查、登記情況，按照《建設用地審批管理辦法》對報批材料的要求擬訂“一書四方案”即：建設用地說明書，農用地轉用方案，補充耕地方案，徵收土地方案，供應土地方案，並組卷向有批准權的機關報批。
第五步：徵用土地公告。
徵用土地的市、縣人民政府應當在收到省或國務院徵用土地批准檔案之日起10個工作日內在被徵地所在村進行徵用土地公告。
第六步：徵地補償登記。
被徵地的所有權人，持土地權屬證書到公告指定的人民政府土地行政主管部門辦理徵地補償登記手續。被徵地農村集體經濟組織、農村村民或者其他權利人未如期辦理徵地補償登記手續的，其補償內容以市、縣國土資源行政主管部門的調查結果為準。
第七步：擬定補償安置方案並公告。
縣或市級國土資源局根據省或國務院徵用土地批准檔案批准的《徵用土地方案》在徵用土地公告之日起45日內以村為單位擬訂徵地補償、安置方案並予以公告。
第八步：根據群眾意見修改相關方案並公告。
被徵地農村集體經濟組織、農村村民或者其他權利人對徵地補償、安置方案有不同意見的或者要求舉行聽證會的，應當在徵地補償、安置方案公告之日起10個工作日內向縣或市級國土資源局提出。
縣或市級國土資源局應當研究被徵地農村集體經濟組織、農村村民或者其他權利人對徵地補償、安置方案的不同意見。對當事人要求聽證的，應當舉行聽證會。確需修改徵地補償、安置方案的，應當依照有關法律、法規和批准的徵用土地方案進行修改後公告。
需要注意的是：市、縣政府將徵求意見後的徵地補償安置方案批准後，應報省國土資源廳備案，並交由市、縣國土資源行政主管部門組織實施。
第九步：落實徵地補償、安置資金(包括社保金)。
市、縣國土資源局按規定在擬徵地補償、安置方案批准之日起三個月內全額支付徵地補償、安置以及社保費等各項費用。
第十步：實施補償安置方案並交付土地。
按規定支付徵地補償安置費，被徵地單位和個人按期交付土地。任何單位或者個人違反土地管理法律、法規規定，阻撓國家建設徵收土地的，由縣級以上政府土地行政主管部門責令交出土地;拒不交出土地的，申請人民法院強制執行。
不管有沒有拆遷，宅基地糾紛都必須在法律允許的範圍內處理，確認了宅基地使用權人之後，徵地主管部門要按照提前制定好的徵地方案實施相關的拆遷工作，如果宅基地使用權人對拆遷決定有爭議，可以向徵地主管部門申請複議。
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