1、協商
因農村宅基地房屋動遷補償發生糾紛的雙方當事人可以通過協商解決；
2、調解
通過村委會調解解決糾紛；
3、仲裁
當事人不願協商、調解或協商、調解不成的可以向仲裁機構申請仲裁；
4、訴訟
根據糾紛內容直接向人民法院提起訴訟。
《中華人民共和國土地管理法》
第十四條 土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。
在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。
二、宅基地糾紛如何起訴
宅基地糾紛向法院起訴流程如下：
1、當事人起訴，並按對方當事人人數提交相應份數的副本。起訴書應寫明請求事項和起訴事實、理由，尾部須署名。
2、提交相關證明材料。
3、當事人向法院提交書證，填寫證據清單。經法院承辦人核對後，由承辦人在證據清單上簽字蓋章，一份交當事人，一份備案。
4、立案庭在當事人履行必須的手續和交齊有關證據材料之後，在七天內，對符合立案條件的，辦理立案手續。
5、當事人應在收到受理通知書之日起七天內預交案件受理費和其他訴訟費用，如確有困難，可在預交期內向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批准而仍不預交的，本院將裁定按自動撤訴處理。
6、立案手續後，案件由法院排期開庭，當事人應服從法院的各項工作安排，並於結案後到財務室結算訴訟費用，多退少補。
拆遷後如果引起宅基地糾紛的，那麼就需要及時的處理，可以通過協商、調解、仲裁或者訴訟的方式來進行解決，但不管是以哪一種方式處理，那麼都需要有合法的證據來證明自己的權益，不同的情形所存在的處理方式就會不同，只有解決好才不會讓自己的利益受損。
