醫療事故爭議處理申請流程如下：準備相關證明材料。向衛生行政部門提出申請。衛生行政部門對材料內容進行審查，在十日內作出是否受理的決定。衛生行政部門以書面形式通知申請人是否受理，不不受理的要說明理由。受理後，衛生行政部門在作出受理決定五日內將有關材料移交醫學會組織。
我國《醫療事故處理條例》規定如下：
第二十條衛生行政部門接到醫療機構關於重大醫療過失行為的報告或者醫療事故爭議當事人要求處理醫療事故爭議的申請後，對需要進行醫療事故技術鑑定的，應當交由負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定;醫患雙方協商解決醫療事故爭議，需要進行醫療事故技術鑑定的，由雙方當事人共同委託負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定。
