1、當事人既向衛生行政部門提出醫療事故爭議處理申請，又向人民法院提起訴訟的，衛生行政部門不予受理;衛生行政部門已經受理的，應當終止處理。
2、衛生行政部門收到負責組織醫療事故技術鑑定工作的醫學會出具的醫療事故技術鑑定書後，應當對參加鑑定的人員資格和專業類別、鑑定程式進行稽核;必要時，可以組織調查，聽取醫療事故爭議雙方當事人的意見。
3、衛生行政部門經稽核，對符合本條例規定作出的醫療事故技術鑑定結論，應當作為對發生醫療事故的醫療機構和醫務人員作出行政處理以及進行醫療事故賠償調解的依據;經稽核，發現醫療事故技術鑑定不符合本條例規定的，應當要求重新鑑定。
4、醫療事故爭議由雙方當事人自行協商解決的，醫療機構應當自協商解決之日起7日內向所在地衛生行政部門作出書面報告，並附具協議書。
5、醫療事故爭議經人民法院調解或者判決解決的，醫療機構應當自收到生效的人民法院的調解書或者判決書之日起7日內向所在地衛生行政部門作出書面報告，並附具調解書或者判決書。
《醫療事故處理辦法》
第三條處理醫療事故，應當遵循公開、公平、公正、及時、便民的原則，堅持實事求是的科學態度，做到事實清楚、定性準確、責任明確、處理恰當。
