股東協議與公司章程的區別是：
一、股東協議屬於任意性檔案，並非設立公司的必備性檔案（股份有限公司、中外合資經營企業、中外合作經營企業除外）；而公司章程是公司設立的必備性檔案。《公司法》關於有限責任公司的設立規定以及關於股份有限公司的設立規定，《中外合資經營企業法》關於中外合資經營企業的設立規定，《中外合作經營企業法》關於中外合作經營企業的設立規定，均以公司章程為必備檔案。
二、根據合同相對性原理，股東協議僅在簽訂協議的股東之間具有法律約束力，不能從根本上約束公司本身；而根據《公司法》的規定，公司章程對公司、股東、董事、監事、高階管理人員具有法律約束力。
三、股東協議的訂立和修改都需要當事人協商一致；而按照《公司法》的規定，公司章程的制定和修改，並不一律要求全體股東一致同意，存在依“少數服從多數”的原則來制定和修改的情況。
【法律依據】
《公司法》第十一條規定，設立公司必須依法制定公司章程。公司章程對公司、股東、董事、監事、高階管理人員具有約束力。
