設立協議和公司章程具有一致性和許多相同之處。公司名稱、註冊資本、經營範圍股東構成、出資形式和數額等事項是公司章程和設立協議必須註明的事項。公司章程一般以設立協議為基礎，吸收設立協議的基本內容，包括：公司的組織機構、股份轉讓、增資、減資、合併分立、公司終止的情形等。雖然設立協議和公司章程目標具有一致性，但是，兩者的性質和功能不同。
1、設立協議和公司章程的效力期間不同，設立協議是調整公司設立過程中的法律關係和法律行為，設立協議產生在公司成立前，公司的設立階段，經發起人達成一致簽字蓋章即具有法律效力。公司章程是以公司成立為前提的，在公司成立後才能生效，對股東具有約束力。
2、設立協議不是公司設立的必要法律檔案。而公司章程是公司設立必備的法律檔案，任何公司登記成立都必須提交公司章程。只有股份有限公司規定了發起人必須簽訂發起人協議。《公司法》第八十條“股份有限公司發起人承擔公司籌辦事務。發起人應當簽訂發起人協議，明確各自在公司設立過程中的權利和義務。”
3、設立協議是不要式法律檔案，根據當事人之間的意思表示形成，其內容更多的體現了當事人的意志和要求，屬於契約，需要遵守民法典的一般規則;公司章程是要式法律檔案，公司章程必須依據公司法制定，不能違反法律、和行政法規為前提。
4、設立協議和公司章程約束的物件不同，設立協議是全體發起人訂立的，調整的是發起人之間的關係，在發起人之間具有法律約束力。公司設立過程中產生的權利和義務，發起人按照發起協議的約定承擔。而公司章程調整的是股東之間、公司與股東之間公司與公司的治理機構之間的法律關係，即包括對原始發起人股東有約束力，也對按照公司章程和公司法規定後加入公司的股東具有約束力。
公司章程是法律規定的必備的法律檔案，產生在設立協議之後。因此在公司成立後，應當以公司章程作為準則。設立協議和公司章程發生矛盾時以公司章程規定為準，發起協議只對原始的發起人具有約束力。
