(一)公訴程式
行使國家公訴權的檢察機關，對公安機關偵查終結移送起訴的案件或者對自行偵查終結的案件，經過全面審查，確認犯罪嫌疑人的行為已經構成犯罪，依法應當追究刑事責任的，提請人民法院予以審判。
1、公安機關直接立案偵察。
根據刑事訴訟法，涉及智慧財產權的違法犯罪行為均由公安機關負責立案偵查。任何單位和個人如果在文化市場執法當中發現侵犯智慧財產權以及其他非法經營的犯罪事實或者犯罪嫌疑人，都可以採取書面或者口頭的形式向公安機關舉報或報案，被害人也可以直接向公安機關報案或控告。公安機關對於報案材料應當迅速審查，認為犯罪事實應當追究刑事責任的，必須立案偵查;認為沒有犯罪事實或者不夠刑事處罰、不需要追究刑事責任的，不予立案，並將不予立案的原因告訴報案人或者被害人。報案人或者被害人不服的，可以申請複議，也可以向檢察機關提起請求。檢察機關認為公安機關不立案理由不能成立的，應當要求公安機關立案。
2、行政執法機關移送案件。
為了依法懲處破壞社會市場經濟秩序罪、妨害社會管理秩序罪以及其他罪，保障社會建設事業順利進行，國務院制定了《行政執法機關移送涉嫌犯罪案件的規定》，要求行政執法機關在依法查處違法行為過程中，發現違法事實涉及的金額、違法事實的情節、違法事實造成的後果等，根據刑法關於破壞社會市場經濟秩序罪、妨害社會管理秩序罪等罪的規定和最高人民法院、最高人民檢察院關於破壞社會市場經濟秩序罪、妨害社會管理秩序罪等罪的司法解釋以及最高人民檢察院、公安部關於經濟犯罪案件的追訴標準等規定，涉嫌構成犯罪，依法需要追究刑事責任的，必須依照規定向公安機關移送。行政執法機關向公安機關移送涉嫌犯罪案件，應備齊以下材料：
(1)涉嫌犯罪案件移送書;
(2)涉嫌犯罪案件情況的調查報告
(3)涉案物品清單;
(4)有關檢驗報告或者鑑定結論;
(5)其他有關涉嫌犯罪的材料。
依照刑法、刑事訴訟法以及最高人民法院、最高人民檢察院關於立案標準和公安部關於公安機關辦理刑事案件程式的規定，公安機關應當自接受行政執法機關移送的涉嫌犯罪案件之日起3日內，對所移送的案件進行審查。認為有犯罪事實，需要追究形式責任，依法決定立案的，應當書面通知移送案件的行政執法機關;認為沒有犯罪事實，或者犯罪事實顯著輕微，不需要追究刑事責任的，依法不予立案的，應當說明理由，並書面通知移送案件的行政執法機關，相應退回案卷材料。
行政執法機關對公安機關決定立案的案件，應當自接到立案通知書之日起3日內將涉案物品以及與案件有關的其他材料移交公安機關，並辦結交接手續;法律、行政法規另有規定的，依照其規定。公安機關對發現的違法行為，經審查沒有犯罪事實，或者立案偵查後認為犯罪事實顯著輕微，不需要追究刑事責任，但依法應當追究行政責任的，應當及時將案件移送同級行政執法機關，有關執法機關應當依法做出處理。
公安機關對公眾報案、被害人控告或者行政執法機關移送的涉嫌犯罪案件一經立案，應當立即展開偵查，收集調取證據材料，應當採取強制措施以及搜查、扣押等措施的，必須依法迅速實施。公安機關偵查終結以後，對依法應當追究刑事責任的，要在規定的時限內提請檢察機關提起公訴。
(二)自訴程式
自訴程式是指被害人等對於刑法規定的刑事案件自行、直接向人民法院提起刑事訴訟。根據我國《刑事訴訟法》第170條規定和有關司法解釋，為有效的打擊侵犯智慧財產權犯罪，保護智慧財產權人的合法權益，對於侵犯智慧財產權犯罪除適用公訴程式外，還規定了自訴程式。對嚴重危害社會和國家利益的侵犯智慧財產權犯罪，智慧財產權人可以直接向人民法院起訴。這種自訴案件包括：
1、智慧財產權人有證據證明的輕微刑事案件。即侵犯智慧財產權的犯罪事實、情節較為輕微，未嚴重危害社會秩序和國家利益，可能判處三年以下有期徒刑，不需要公安機關專門進行刑事偵查的案件。
2、當事人有證據證明被告侵犯智慧財產權的行為應當追究刑事責任，並向公安機關、人民檢察院報案，公安機關、檢察院作出不予立案、撤銷案件、不予起訴的決定。
對此，當事人可以直接向人民法院起訴。法院受理案件以後，檢察院應當將有關材料移送法院。法院受理自訴案件以後，在審理過程中，可以依法採取強制措施或者扣押、凍結等措施。法院審理自訴案件，可以進行調節，自訴人在法院宣告判決以前，可以與被告人自行和解或者撤回自訴。自訴案件經審理作出判決生效後，即交付執行。
當前，完善的法制環境已經形成，只有充分拿起法律武器，堅決打擊刑事犯罪，才能更加有效的保護著作權人和鄰接權人的合法權益，促進文化市場的健康繁榮發展。
智慧財產權糾紛的處理一般屬於民事範圍，但是也涉及到刑事犯罪，如果涉及到刑事犯罪，屬於公訴案件的，需要當事人先控告，然後相應的司法機關收集證據，最後檢察院起訴到法院處理。
