廠房施工合同糾紛可以選擇採用和解、協調、仲裁、訴訟等四種方式：
1、和解這是解決爭議的最佳方式，爭議方通過磋商對工程造價有爭議的部分進行溝通，相互諒解，達成共識，這樣既能解決爭議，防止損失擴大，又有利於雙方的友好合作。這種解決方式多用於爭議分歧不大，爭議方對爭議理解差距較小，且爭議方都願做出讓步前題下。
2、協調這是解決爭議的很好方式，爭議方在造價管理部門的協調下，對造價爭議中涉及的定額套用、工程量計算規則、材料價格調整、費率標準、工程造價檔案時效性等造價爭議問題予以明確，通過造價管理部門的協調，使爭議方的造價糾紛得到解決。採用這種方式解決爭議，多源於爭議方對計價依據、相關造價政策的理解不夠，對造價管理部門專業知識權威性的信賴或依賴政府部門的行業管理和行政手段。
3、仲裁這是一種對爭議問題作出具有法律約束力的書面裁決，爭議方可以根據合同約定或爭議發生後達成的書面協議，提交仲裁機構對爭議問題提請仲裁。裁決作出後，當事人不可以就同一糾紛再伸請仲裁或向法院提起訴訟，當事人只能對仲裁協議的效力有異議請求仲裁機委員會作出決定或者人民法院作出裁定。
4、訴訟這是對爭議解決最終方式，爭議方在合同中未約定仲裁條款，發生爭議後又未達成書面仲裁協議或仲裁協議無效的爭議方可依法將爭議提交人民法院受理，由人民法院依據司法程式通過調查、作出判決、採取強制措施等來處理糾紛。
法院有管轄權的限制，對於建設工程合同的糾紛一般都由不動產所在地的專屬管轄，這就是說發生爭議只能向工程所在地的人民法院提請訴訟。
綜上所述，當事人存在廠房施工糾紛爭議的，可以採取協商和解、法律判決等不同形式解決處理，和解、協調有利於消除合同當事人的對立情結，能夠較經濟、及時解決糾紛。仲裁、訴訟是使糾紛的解決具有法律約束力，是解決糾紛的最有效的解決方式，但相對於和解、協調必須付出仲裁費和訴訟費等相應費用和一定的時間。
