(一)罪與非罪
行為人偷稅數額要達到一定比例和數額或者具備法定情節，才構成犯罪。根據《刑法》第201條規定，偷稅數額佔應繳納稅數額的10%以上並且偷稅數額在1萬元以上的，或者因偷稅被稅務機關給予二次行政處罰又偷稅的，才構成犯罪。對多次犯有偷稅行為，未經處理的，按照累計數額計算。
(二)偷稅罪認定的犯罪主體規定問題
《刑法》第30條規定：“公司、企業、事業單位、機關、團體實施的危害社會的行為，法律規定為單位犯罪的，應當負刑事責任。” 《刑法》第31條規定：“單位犯罪的，對單位判處罰金，並對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員判處刑罰。本法分則和其他法律另有規定的，依照規定。” 根據《刑法》的規定偷稅罪的犯罪主體為特殊主體，納稅人或扣繳義務人才可構成(稅務人員作為此類犯罪的共犯除外)。在實際處理過程中，一般對單位判處罰金沒有異議，但因偷稅罪的特殊性，主要涉及到單位的財務處理問題，特別是企業法人代表及財務人員的責任劃分問題。按照以上兩條刑法規定，單位犯偷稅罪，財務人員作為直接責任人員需要承擔刑事責任，但對單位的負責人是否需要承擔刑事責任本法未作明文規定，特別是對於單位的負責人不知情或對稅收法律法規規定不熟悉的情況下，單位的負責人是否還應承擔刑事責任存在爭議。對此種情況，根據《會計法》第四條規定：“單位負責人對本單位的會計工作和會計資料的真實性、完整性負責。”這就明確規定了單位負責人的法律責任問題，單位負責人作為直接負責的主管人員應當承擔刑事責任。
(三)偷稅罪認定的主觀故意判斷問題
根據《刑法》第14條規定：“明知自己的行為會發生危害社會的結果，並且希望或者放任這種結果發生，因而構成犯罪的，是故意犯罪。故意犯罪的，應當負刑事責任”。根據刑法第15條規定：“應當預見自己的行為可能發生危害社會的結果，因為疏忽大意而沒有預見，或者已經預見而輕信能夠避免，以致發生這種結果的，是過失犯罪。過失犯罪，法律有規定的才負刑事責任”。刑法在對偷稅罪的相關條款規定中，沒有作出過失犯罪的特別規定，因此只有故意才能構成偷稅罪。在現行稅務行政執法案件中，由於《徵管法》對“漏稅”的情況在法律責任這一章中未作規定，同時《徵管法》及《刑法》對“納稅申報不實”偷稅的規定過於含糊，導致在實際執法中對偷稅行為的認定和處理較多考慮的是其客觀方面的情況，如補繳稅款的數額和不繳、少繳稅款的手段等，對於是否具有偷稅的主觀故意一般較少作出判斷。實際上，由於財務會計核算方式與稅法會計規定的差異，很多情況下的補繳稅款是因會計處理方式不當造成的，同時由於經濟活動千差萬別，會計水平及素質客觀上也存在差異，納稅人及扣繳義務人對稅收政策瞭解及熟練程度等，都有可能造成納稅申報與稅收政策規定不一致的情況，這些情況都是典型的非故意情況。但是按照現行法律規定，這些情況全部都可歸入“納稅申報不實”的情形中，按偷稅處理。這也是造成當前偷稅案件量多面廣的重要因素之一。因此對《刑法》及《徵管法》相關規定作出符合客觀實際情況的明確解釋，對客觀存在的“漏稅”行為作出規定，明確界定偷稅的範圍及處理辦法，是解決當前《刑法》偷稅罪起刑點過低，偷稅罪打擊面過大的根本之途。
(四)徇私舞弊不徵、少徵稅款罪與偷稅罪的區別
根據《刑法》第404條的規定，徇私舞弊不徵、少徵稅款罪是指稅務機關的工作人員徇私舞弊，不徵或少徵應徵稅款，致使國家稅收遭受重大損失的行為。一般而言，偷稅罪與徇私舞弊不徵、少徵稅款罪在犯罪主體、犯罪的客體表現、犯罪的主觀方面等內容上，都有著很大的區別。但當出現偷稅罪的共犯時，則有可能造成相互混淆的現象，對此必須加以澄清。稅務機關的工作人員，如果與偷稅人相互勾結，故意不履行其依法徵稅的職責，不徵或少徵應徵稅款的，應該將其作為偷稅罪的共犯來論處。但如果行為人知道了某人在偷稅，出於某種私利，而佯裝不知，對偷稅犯罪行為採取放任的態度，並因此不徵或少徵應徵稅款，致使國家稅收遭受重大損失的，只能認定構成徇私舞弊不徵、少徵稅款罪。
