農民工工傷賠償程式是員工要有傷勢鑑定表，把鑑定表交到公司的財務部審查，確定是工傷就由公司賠償。可以和公司協商賠償，公司拒絕可以先法院提起訴訟。農民工工傷賠償程式具體有以下步驟。
1、工傷報告程式
用人單位為勞動者在工傷保險機構投了工傷保險的才有這個程式。單位應當自工傷事故發生之日或者職業病確診之日起30日內，向當地勞動行政部門提出工傷報告。
2、工傷認定程式
由社會保險經辦機構對工傷(亡)事故進行調查確定是否屬工傷的程式，這是一般工傷必走第一步。但用人單位書面認可為工傷的，又沒有投工傷保險的情況下，可以不走這一程式。注意工傷認定的兩個時間：單位沒有提起工傷認定的，工傷者一定要在事故發生之日起一年內向勞動部門提出申請。社保經辦機構調查認定後，書面通知單位及傷者。
3、工傷鑑定程式
工傷鑑定是在申請工傷鑑定的職工被認定為工傷的基礎上(即走完工傷認定程式後)，在其醫療終結或醫療期滿之後，由縣以上勞動鑑定委員會對其進行的評定傷殘等級的行為。廣義的工傷鑑定包括勞動能力鑑定和致殘等級鑑定。窄義的工傷鑑定指致殘等級鑑定。
4、協商賠償程式
工傷鑑定以後，就可以依據鑑定的標準計算出賠償數額了。單位投了工傷保險的，就直接由國家工傷保險機構依據標準發放工傷保險待遇。沒有投保的(特指在工傷保險機構投保)，則依據標準與用人單位協商解決。
5、勞動仲裁程式
與用人單位協商解決不了的，則可以依據勞動仲裁法規提起仲裁程式。
6、法院審理程式
對勞動仲裁不服的，可以向法院提起訴訟解決。對一審法院判決不服的，可以依法向二審法院提起上訴。
7、執行程式
仲裁或者判決生效後，用人單位不支付賠償費的，則可以依據生效法律文書向法院執行局提起執行申請，由法院執行。
8、申訴程式
對生效判決不服的，則可以申請啟動再審程式。
農民工在從事高空且危險的工作時，農民工應該購買意外保險，如果發生了意外，農民工自己才可以減輕賠償的負擔。公司聘請農民工操作危險工作時，也應該幫助農民工購買意外保險，公司還必須保證農民工在工地工作的人身安全。
