疫情期間不上班不算曠工，員工在疫情期間應當根據疫情防控的需要，積極參加隔離觀察，目的在於避免發生感染的情況，用人單位也應當與員工配合做好相關工作，可以協商以年休假的形式來進行認定。
一、疫情期間不上班算曠工嗎?
依據我國相法律的規定，員工在新型冠狀病毒隔離期間，不能提供正常勞動的，不屬於曠工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬。
根據《人力資源社會保障部辦公廳關於妥善處理新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控期間勞動關係問題的通知》的相關規定：對新型冠狀病毒感染的肺炎患者、疑似病人、密切接觸者在其隔離治療期間或醫學觀察期間以及因政府實施隔離措施或採取其他緊急措施導致不能提供正常勞動的企業職工，企業應當支付職工在此期間的工作報酬，並不得依據勞動合同法第四十條、四十一條與職工解除勞動合同。在此期間，勞動合同到期的，分別順延至職工醫療期期滿、醫學觀察期期滿、隔離期期滿或者政府採取的緊急措施結束。
二、自動離職公司有權利不發所有工資嗎?
1、勞動法規定，勞動者為用人單位付出勞動後，就相應地有獲得勞動報酬的權利。這是勞動法賦予勞動者的基本權利之一。因此，我為公司工作了，公司就必須為你支付工資，如果不支付工資，是違法的。
2、而即使是自動離職，但畢竟你是為公司工作過，同樣需支付你工資。公司可因自動離職作適度的工資扣減，但這必須建立在合乎程式的規章制度度之下，比如規章制度經民主程式討論經大部分職工認可，進行公示，員工入職有進行培訓並簽名確認等，或者勞動合同中有約定。否則公司就不能隨便扣減員工工資，因為公司沒有行政處罰權。而至於扣減工資，一般不能超過20%，或扣減後所剩工資不得低於最低工資標準。
國家針對疫情的防控工作出臺了一系列的規定，用人單位與勞動者都應當嚴格遵守相關規定，並結合生產經營實際來對相關情況進行認定，特別是涉及員工因隔離不能工作的情況，是屬於正常的疫情防控措施，需要支付規定標準的工資待遇。
