（一）產權性質不同
房產證是購房者通過交易，取得房屋的合法所有權，可依法對所購房屋行使佔有、使用、收益和處分的權利的證件。即《房屋所有權證》，是國家依法保護房屋所有權的合法憑證。
集體土地使用證是集體土地所有人依法對集體土地享有佔有、收益和處分權利的合法憑證。
（二）所有權主體不同
1、房產證是對特定房屋所有權歸屬的書面證明，並可記載特定房屋共有狀況以及是否設定擔保物權等狀況。基於一物一權主義，房產證以一房屋一房產證為原則，即一個具有獨立建築結構與使用功能的房屋(包括區分所有的房屋)只有一個所有權，在不動產登記上只能有一項所有權登記，並且據此只能發放一個房產證。
房產證只能向特定房屋的所有權人發放，如房屋系共有，在房屋所有權證之外，還可向共有權人發放共有權證。
2、凡是土地家庭聯產承包中未打破村民小組(原生產隊)界線，不論是以村的名義還是以組的名義與農戶簽訂承包合同，土地應確認給村民小組農民集體所有。
能夠證明土地已經屬於鄉(鎮)農民集體所有的，土地所有權應依法確認給鄉(鎮)農民集體。沒有鄉(鎮)農民集體經濟組織的，鄉(鎮)集體土地所有權由鄉(鎮)政府代管。
不能證明屬於鄉(鎮)農民集體所有或村民小組農民集體所有的集體土地，應依法確認給村農民集體所有。土地所有權主體以“хх村(組、鄉)農民集體”表示。
（三）證件作用不同
1、房產證主要在房屋登記事務範疇中發揮作用，並且主要是為了保證登記活動的秩序與安全。房產證首先起到登記行為完成的證明作用。登記機關在完成房屋登記事務後，將房產證發放給權利人，表明登記機關已經根據事實、法律和當事人的申請，完成了相應的房屋登記。由於房產證記載的內容與登記簿的內容具有一致性，因此，房產證起到一種備忘的作用。權利人可以根據自己持有的房產證內容，掌握自己的財產情況，而不必每每去查閱登記簿。房產證最重要的作用還是保證登記活動的安全。
因為房屋的權屬情況依據不動產登記簿的記載，而登記簿由登記機關記載並且由該機關保管，並不在權利人的控制之下，如果登記機關或者其工作人員，擅自更改登記簿的內容，權利人就面臨失權的危險。為了防止此種情況的發生，登記機關在進行了房屋登記之後，有必要再向權利人發放房產證，其上記載與登記簿相同的內容。
如果事後發現登記簿的記載有與房產證相異之處，權利人可以房產證的記載對抗登記機關，要求登記機關恢復原記載並承擔責任。所以，在以登記作為不動產權利公示方法的制度體系中，房產證的主要功用是在約束登記機關的行為，發放房產證是保證登記安全的重要措施。
2、集體土地使用證也是國家保護的土地使用權證書，持有人有使用和收益等權益。
集體土地使用證是農村居民行使土地使用權的憑證，而房產證是房屋產權所有的憑證，這是最明顯的集體土地使用證和房產證區別。但是對於置業者來說土地使用證和房產證缺一不可，只有同時持有兩證置業者才能合法的行使房屋的所有權。
土地使用證和房產證對於置業者來說並不陌生，這是他們在簽署房屋買賣合同後所被要求辦理的兩大證件。但是有不少人無法將集體土地使用證和房產證區分開來或將二者混為一談，認為他們並無本質上的區別，但是這種觀點是錯誤的，我們是需要及時瞭解相關的去唄的
