第一，未經批准或者騙取批准，違法佔用土地建房，符合土地利用總體規劃且符合宅基地使用條件的。
土地管理法修正案明確規定，由縣級以上土地行政主管部門責令改正，並處以罰款。不再是退還土地拆除房屋。
對農民違法建房的處罰措施人性化了。土地管理法修正後，明確規定沒有經過批准建設的農村住房，符合規劃且符合宅基地使用條件的，責令農民進行改正;對符合規劃但不符合宅基地使用條件的，地上的房屋交由村處置。而不再是責令退還和限期拆除。這樣既避免了村民矛盾，又避免了農村土地資源浪費。
第二，未經批准或者騙取批准，違法佔用土地建房，符合規劃但不符合宅基地使用條件的。
這種情況多是，一戶佔用多宅，或者不是本村集體成員佔用宅基地的。土地管理法修正案規定，責令退還違法佔用的土地，違法佔用的土地上的房屋交由村集體處置。不再是退還土地拆除房屋。
法律依據：
《土地管理法(修正案)》三十一、將第七十七條改為第七十九條，修改為：“農村村民未經批准或者採取欺騙手段騙取批准，違法佔用土地建住宅，符合土地利用總體規劃且符合宅基地使用條件的,由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令改正，處以罰款;符合土地利用總體規劃但不符合宅基地使用條件的，責令退還違法佔用的土地，在違法佔用的土地上新建的房屋由農村集體經濟組織處置;不符合土地利用總體規劃的，責令退還違法佔用的土地，限期拆除在違法佔用的土地上新建的房屋。拒不退還違法佔用的土地或者自行拆除在違法佔用的土地上新建的房屋的，由鄉、鎮人民政府依法申請人民法院強制執行。”
三十二、將第七十八條改為第八十條，修改為：“無權批准徵收、使用土地的單位或者個人違法批准佔用土地的，超越批准許可權違法批准佔用土地的，不按照土地利用總體規劃確定的用途批准用地的，或者違反法律規定的程式批准佔用、徵收土地的，其批准檔案無效，對違法批准徵收、使用土地的直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予處分;構成犯罪的，依法追究刑事責任。違法批准、使用的土地應當收回，有關當事人拒不歸還的，以違法佔用土地論處。
“違法批准徵收、使用土地，對當事人造成損失的，依法應當承擔賠償責任。”
三十三、將第八十條改為第八十二條，修改為：“依法收回國有土地使用權當事人拒不交出土地的，臨時使用土地期滿拒不歸還的，由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令交還土地，處以罰款。”
