可以的。
《民事訴訟法》規定建設工程合同糾紛屬於專屬管轄的範圍。根據民事訴訟法規定，因不動產糾紛提起的訴訟適用專屬管轄，當事人在約定管轄、提起管轄權異議的時候都不能違反級別管轄和專屬管轄的有關規定。因此，建設工程施工合同糾紛當事人，只能由不動產所在地即建設工程所在地法院管轄案件，不能約定其他法院管轄。專屬管轄是法院管轄獨有的制度，仲裁沒有專屬管轄。
由此可見，專屬管轄是針對法院的管轄權而言的，即屬於專屬管轄的案件只能由特定的人民法院管轄，其他法院無權管轄，但是，專屬管轄不得對抗仲裁，即當事人可以選擇由仲裁機構仲裁解決糾紛。此外，涉外民事訴訟中的專屬管轄同樣如此，當事人可以選擇仲裁，而且可以選擇我國的仲裁機構，也可以選擇外國的仲裁機構。
因此，當事人可以在建設工程合同中約定仲裁，不違反民事訴訟法的規定。建設施工雙方簽訂建設工程施工合同時有權約定除建設工程所在地法院之外的法院管轄。但雙方可協商約定仲裁，比如“某某仲裁委員會”，但是仲裁和訴訟兩者只能選擇其一。
《中華人民共和國民事訴訟法》第三十三條
下列案件，由本條規定的人民法院專屬管轄:
(一)因不動產糾紛提起的訴訟，由不動產所在地人民法院管轄;
(二)因港口作業中發生糾紛提起的訴訟，由港口所在地人民法院管轄;
(三)因繼承遺產糾紛提起的訴訟，由被繼承人死亡時住所地或者主要遺產所在地人民法院管轄。
《中華人民共和國仲裁法》第二條
平等主體的公民、法人和其他組織之間發生的合同糾紛和其他財產權益糾紛，可以仲裁。
根據相關的法律規定，以對於不動產糾紛施工合同是可以通過申請仲裁來進行解決問題的。而且需要注意的是，如果是提起訴訟的話，那麼必須要在有管轄權的法院來進行提起訴訟，但是對於仲裁來說，是沒有專屬管轄的。
