宅基地補償款繼承糾紛可以通過協商或者法院訴訟解決。農村宅基地房屋的動遷補償一般分為房屋補償和宅基地使用權補償。地上物的補償，應當歸屬房屋權利人。房屋原權利人已經死亡的，動遷補償款可依繼承關係進行處理。 宅基地使用權補償款的分割，容易產生爭議，特別是非集體經濟組織的繼承人往往基於繼承關係而主張宅基地使
農村宅基地房屋的動遷補償一般分為房屋補償和宅基地使用權補償。地上物的補償，應當歸屬房屋權利人。房屋原權利人已經死亡的，動遷補償款可依繼承關係進行處理。
宅基地使用權補償款的分割，容易產生爭議，特別是非集體經濟組織的繼承人往往基於繼承關係而主張宅基地使用權，進而提出分割相應補償款。鑑於農村宅基地使用權具有很強的身份屬性，系農村集體經濟組織無償提供給本集體成員享有的，並且按戶計算。當一戶出現人口減少，宅基地仍是由一戶中剩餘的成員共同使用，宅基地使用權的補償款則由該戶剩餘的成員共同所有。
若該戶已無農村集體經濟組織成員，或雖為農村集體經濟組織成員，但在他處已取得宅基地使用權的，該宅基地使用權的補償款一般由該戶房屋原權利人的繼承人取得，但集體經濟組織明確表示反對的。
二、宅基地的相關規定是什麼?
2004年國土資源部出臺的《國土資源部印發〈關於加強農村宅基地管理的意見〉的通知》進一步對法律上的規定做了具體解釋，明確提出：農村宅基地佔用農用地應納入年度計劃，嚴禁城鎮居民在農村購置宅基地;嚴格宅基地申請條件，不符合申請條件的不得批准宅基地，農村村民將原來住房出賣、出租或贈與他人後，再申請宅基地，不得批准;農村村民建住宅需要使用宅基地的，應向本集體經濟組織提出申請，並經張榜公佈無異議的，報經鄉(鎮)稽核後，報縣(市)審批;在農村宅基地審批中不得向農民收取建設用地土地有償使用費;要加強農村宅基地登記發證工作，切實維護農民的合法權益。
搬遷後可以申請新的宅基地。《土地管理法》第六十二條第四款規定的“農村村民出賣、出租住房後，再申請宅基地的，不予批准。”這是指村民將原來的住房出賣或出租後，在同一村集體內又重新申請宅基地的，不予批准。例如，《河北省農村宅基地管理辦法》第七條的內容就規定：外來人口落戶，成為本集體經濟組織成員，沒有宅基地的，可以申請宅基地。
繼承的前提必須是由個人所留下來的合法財產，這裡所說的個人財產包括由個人所取得的收入工資獎金等。因為宅基地上所建造的房屋獲得的補償款項也是可以進行繼承的，這也是屬於個人所擁有的合法財產。
