1.借款本金的處理
借款合同被確認無效後，借款人從貸款人處取得的借款本金應當向貸款人返還。由於借款合同項下的借款本金的返還是金錢債務的範疇，而金錢債務原則上必須履行，所以借款合同被確認無效後，借款人必須向貸款人返還依合同取得的借款本金，而不能適用損害賠償予以替代。
2.利息的處理
而實踐中，對無效借款合同項下的利息處理一直都是沿用最高人民法院《聯營糾紛解答》第4條第2項的規定，即“除本金可以返還外，對出資方已經取得或者約定取得的利息應予收繳，對另一方則應處以相當於銀行利息的罰款。”其後，最高人民法院亦曾對此作過強調。《關於對企業借貸合同借款方逾期不歸還借款的應如何處理問題的批覆》規定，企業借貸合同違反有關金融法規，屬合同無效。
對於合同期限屆滿後，借款方逾期不歸還本金，當事人起訴到人民法院的，人民法院除應按照最高人民法院《聯營糾紛解答》第4條第2項的有關規定判決外，對自雙方當事人約定的還款期屆滿之日起，至法院判決確定借款人返還本金期滿期間的利息，應當收繳，該利息按借貸雙方原約定的利率計算，如果雙方當事人對借款利息未約定，按同期銀行貸款利率計算。
借款人未按判決確定的期限歸還本金的，應當按照《中華人民共和國民事訴訟法》第229條的規定以及最高人民法院《關於在執行工作中如何計算退延履行期間的債務利息等問題的批覆》加倍支付遲延履行期間的利息。這些規定也是目前各地法院在審理企業間無效借款合同糾紛案件時的主要法律依據。
3.補充說明
在司法實踐中，有的法院並未完全適用最高人民法院的上述規定，而是根據各地實際情況作了不同的處理。如有的法院對企業之間利用自有資金進行借貸的案件一般僅判決借款人返還借款本金，而且對約定的利息既不進行追繳，也不進行處罰，如果約定的利息高於中國人民銀行規定的貸款利率，僅確認超出部分不予保護。有的法院則不對借貸雙方進行處罰，對利息也不予保護，即判決借款人僅歸還借款本金，對已經支付的利息充抵借款本金。這些做法有一定的合理之處，符合經濟發展的現實要求，也符合平衡雙方當事人權利義務的需要。
因此，在借款合同已經確認為無效的情況下，借款人仍然要歸還本金。只是對於借款合同中所規定的其他責任則無需承擔，借款人需要重新簽訂借款合同。
隨著我國的人民生活水平的不斷提高，我國的民間借貸的數量以及民事糾紛的數量也是在不斷的上升的，此時我們需要注意的是，在遇到相關的民事糾紛的時候要及時的處理。
