醫療機構所在地衛生局，醫政科。醫療機構是屬地管理。先申請縣市區衛生局組織鑑定，如有異議，於兩月內在申請省級鑑定。醫療事故技術鑑定分為首次鑑定和再次鑑定。
《《醫療事故處理條例》》第三十九條：衛生行政部門應當自收到醫療事故爭議處理申請之日起１０日內進行審查，作出是否受理的決定。對符合本條例規定，予以受理，需要進行醫療事故技術鑑定的，應當自作出受理決定之日起５日內將有關材料交由負責醫療事故技術鑑定工作的醫學會組織鑑定並書面通知申請人；對不符合本條例規定，不予受理的，應當書面通知申請人並說明理由。 當事人對首次醫療事故技術鑑定結論有異議，申請再次鑑定的，衛生行政部門應當自收到申請之日起７日內交由省、自治區、直轄市地方醫學會組織再次鑑定。
