醫療事故鑑定可以由當事人提出，也可以由醫療機構提出鑑定申請；而醫療事故司法鑑定則是由司法機關或者當事人委託鑑定機構進行鑑定活動。除此之外醫療事故的司法鑑定與醫療事故鑑定還有哪些區別呢？
1.提起鑑定的申請人不同
醫療事故的啟動：根據我國《醫療事故處理條例》的規定，由衛生行政部門委託或醫患雙方當事人共同委託兩種啟動方式。前者屬於行政鑑定，解決的是行政處理醫療糾紛中的專門性問題，即是否屬於醫療事故的問題和賠償調解問題。後者屬於自行委託的鑑定，其作用在於給雙方當事人一個“判定的標準”。即可提起鑑定的申請人為：衛生行政部門或者醫患雙方。
司法鑑定的啟動：目前根據我國法律和相關司法解釋的規定，司法鑑定的啟動一般是由一方當事人申請或律師事務所等法律服務機構代為申請，委託社會上依法設立的司法鑑定機構進行鑑定。司法機關對案件中的專門性問題認為需要鑑定的，也可以指令或直接委託專門司法鑑定機構進行鑑定。
由此可以看出，二者能夠提起鑑定的申請人是不同的。在訴訟之前，如果做過鑑定，就可以明確確定案由，可以選擇其所適用的法律依據和賠償的計算方法，從而節省訴訟期限和訴訟費用。
2.鑑定機構不同
醫療事故的鑑定機構：根據《醫療事故處理條例》的規定，設區的市級地方醫學會和省、自治區、直轄市直接管轄的縣(市)地方醫學會負責組織首次醫療事故技術鑑定工作。省、自治區、直轄市地方醫學會負責組織再次鑑定工作，即醫療事故的鑑定機構是醫學會。司法鑑定的機構是司法行政機關登記註冊並受其監督的公益性社會組織即司法鑑定所。由於司法鑑定所隸屬於司法機關，受醫療機構影響較遠，能夠客觀公正地實施鑑定，因此較受患者青睞。
3.鑑定的內容和結果不同
醫療事故鑑定的內容主要為是否屬於醫療事故;如果構成醫療事故，醫療事故的級別以及院方的責任大小。而司法鑑定的內容主要是院方對患者的醫療行為是否存在司法過錯，以及過錯的大小和是否具有因果關係。
由於醫療糾紛案件涉及的專業性問題較強，而糾紛的雙方當事人都認為自己是正確的，那麼是否屬於醫療事故，如不屬於，是否具有司法過錯等，都需要法官來分析。而法官又不十分清楚這一塊，那麼只有依靠這些鑑定機構。因此醫療糾紛案件的鑑定尤其重要，法院一般都會採納。當事人在打醫療糾紛官司時，應當提前搞清楚哪種鑑定適合自己，對案件審理有利，及時提出申請，啟動鑑定程式。
