勞動者患病期間，公司可以根據公司相關制度扣付工資，但工資的扣付須遵守法律。根據規定職工患病或非因工負傷治療期間，在規定的醫療期間內由企業按有關規定支付其病假工資或疾病救濟費，病假工資或疾病救濟費可以低於當地最低工資標準支付，但不能低於最低工資標準的80%。
《勞動保險條例實施細則修正草案》第十六條 工人職員疾病或非因工負傷停止工作連續醫療期間在六個月以內者，根據勞動保險條例第十三條乙款的規定，應由該企業行政方面或資方按下列標準支付病傷假期工資：本企業工齡不滿二年者，為本人工資百分之六十；已滿二年不滿四年者，為本人工資百分之七十；已滿四年不滿六年者，為本人工資百分之八十；已滿六年不滿八年者，為本人工資百分之九十；已滿八年及八年以上者，為本人工資百分之一百。
