訴訟時效的起算問題，應以合同約定的履行期限屆滿之次日開始計算，履行期限沒有約定或約定不明確的，從確定的履行期限屆滿之次日開始計算。
因此，合同糾紛的訴訟時效仍應遵循此規定，從知道或者應當知道權利被侵害時起計算。合同是否有效由人民法院通過判決或仲裁機構通過裁決確認，一方在起訴時合同效力並不確定，一方或雙方也無權自行確定。因此當事人只能按照合同約定的期限主張權利，時效期間應從約定的履行期限屆滿之次日起計算。如企業之間的借款合同雖然無效，但時效的起算只能以約定的還款期限屆滿之次日為準，不能以銀行款項借出之次日開始計算，也不能以出借人主張權利被借款人拒絕之次日開始計算，更不能以法院或仲裁機構確認合同無效之次日開始計算。
實踐中不乏當事人在合同被確認無效之前不知道合同無效，因此仍期待合同履行而沒有及時提出返還或賠償的請求，此時權利人不知也不應當知道權利受到損害，時效期間不應開始計算。
《民法典》第一百八十八條 向人民法院請求保護民事權利的訴訟時效期間為三年。法律另有規定的，依照其規定。
訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。法律另有規定的，依照其規定。但是，自權利受到損害之日起超過二十年的，人民法院不予保護，有特殊情況的，人民法院可以根據權利人的申請決定延長。
第一百八十九條 【分期履行債務的訴訟時效】當事人約定同一債務分期履行的，訴訟時效期間自最後一期履行期限屆滿之日起計算。
第一百九十條 【對法定代理人請求權的訴訟時效】無民事行為能力人或者限制民事行為能力人對其法定代理人的請求權的訴訟時效期間，自該法定代理終止之日起計算。
合同約定的履行期限是計算合同的訴訟時效的重要環節，按照實際的情況進行訴訟時效的計算，確認合同效力糾紛的訴訟時效一般情況下是三年的時間，如果有特殊的規定的，有其他的訴訟時效。
