企業制度規定曠工扣三倍工資是不合法的，《勞動法》第五十條規定工資應當以貨幣形式按月支付給勞動者本人。不得剋扣或者無故拖欠勞動者的工資。《勞動法》第四十六條工資分配應當遵循按勞分配原則，實行同工同酬。工資水平在經濟發展的基礎上逐步提高。國家對工資總量實行巨集觀調控。
【法律依據】
《勞動法》第四十六條
工資分配應當遵循按勞分配原則，實行同工同酬。工資水平在經濟發展的基礎上逐步提高。國家對工資總量實行巨集觀調控。
第四十七條
用人單位根據本單位的生產經營特點和經濟效益，依法自主確定本單位的工資分配方式和工資水平。
