一、區分本罪的既遂與未遂
本罪主觀方面雖然具有牟取非法利益的目的，但其既遂的標準不是以目的是否實現為標準的。行為人只要出於故意實施了偽造、變造股票或公司、企業債券的行為，一達到數額較大，即構成本罪既遂，其目的是否實現則沒有影響。行為人出於故意實施偽造、變造行為，但由於意志以外的原因尚未完成，只要能查明其足以達到數額巨大的標準，則就可構成本罪未遂。
二、本罪與偽造、變造國家有價證券罪的界限
兩者在主觀方面、客觀行為方式、主體、客體都相一致，所不同的則是物件不同。本罪的物件雖然亦為有價證券，但其屬於公司、企業依法發行的一種有價證券;而後罪的物件則是國家發行的有價證券，其危害性比本罪更大。
三、本罪與詐騙罪的區別
本罪在客觀方面表現為偽造、變造股票或者公司、企業債券的行為。如果沒有此種偽造、變造行為，而是直接將假的或失效的甚或其他票證用之去騙取財物，則應以詐騙罪定性，而不是構成本罪。如果偽造、變造股票或公司、企業債券後又用之騙取錢財的，則屬牽連行為，根據牽連犯擇一重罪處罰的原則應選擇一重罪定罪科刑。
