(一)本罪與組織他人偷越國(邊)境罪的區別
二罪的區別是明顯的，主要區別在於客觀方面不同。運送他人偷越國(邊)境罪表現為行為人為他人提供運輸工具，並且將他人送出或送入國(邊)境。組織他人偷越國(邊)境罪表現為採取煽動、串連、拉攏、引誘、欺騙、強迫等手段，策劃聯絡安排他人偷越國(邊)境。
司法實踐中，經常表現為既組織又運送的行為，對此如何定罪，我們認為如果組織和運送的是同一批偷越國(邊)境者，按組織他人偷越國(邊)境罪定罪處罰。如果既組織他人偷越國(邊)境，又運送他人偷越國(邊)境、這些偷越國(邊)境又不是同一批的，應定組織他人偷越國(邊)境罪和運送他人偷越國(邊)境罪兩罪，二罪並罰。
(二)本罪一罪與數罪的問題
《刑法》第三百二十一條規定：“對被運送人有殺害、傷害、強姦、拐賣等犯罪行為，或者對檢查人員有殺害、傷害等犯罪行為的，依照數罪併罰的規定處罰”。在運送他人偷越國(邊)境犯罪過程中，對被運送人有殺害、傷害、強姦、拐賣等犯罪行為，或者對檢查人員有殺害、傷害等犯罪行為的，運送他人偷越國(邊)境罪與殺人、傷害、強姦等這幾種犯罪是獨立的數罪關係，因此，應當按照運送他人偷越國(邊)境罪和另外實施的故意殺人、故意傷害、強姦等犯罪行為，分別定罪判刑，然後實行並罰。
