(一)本罪與叛逃罪的界限
1、犯罪主體不同。
偷越國(邊)境罪的犯罪主體是一般主體;而叛逃罪的犯罪主體則是特殊主體，即國家機關工作人員，不僅包括在國家機關依法從事公務的人員，還包括國家機關內的非從事公務的人員。
2、犯罪主觀故意的內容不同。
偷越國(邊)境罪在主觀方面表現為，行為人明知偷越國(邊)境的行為是違法行為，會給國家對國(邊)境的正常管理秩序造成破壞，而仍然希望這一危害社會的結果的發生;而叛逃罪直接故意的內容是，行為人明知自己是國家機關工作人員不應叛逃，而仍然故意為之。
3、犯罪客觀方面的表現形式不同。
偷越國(邊)境罪在客觀上表現為，違反國(邊)境管理法規，偷越國(邊)境的行為;叛逃罪在客觀方而則表現為，國家機關工作人員在履行公務期間，擅離崗位，叛逃境處或者在境外叛逃，危害中華人民共和國國家安全的行為。
4、犯罪客體不同。
偷越國(邊)境罪侵犯的直接客體是國家對國(邊)境的正常管理秩序;而叛逃罪侵犯的客體則是中華人民共和國的國家安全。
(二)偷越國(邊)境罪與軍人叛逃罪的界限
1、犯罪主體不同。
偷越國(邊)境罪的犯罪主體是一般主體，無論中國公民、外國人還是無國籍人均可成為偷越國(邊)境罪的犯罪主體;而軍人叛逃罪的犯罪主體則只能是現役軍人。
2、犯罪客觀方面的具體表現形式不同。
偷越國(邊)境罪在客觀方面表現為，違反國(邊)境管理法規，偷越國(邊)境，情節嚴重的行為;而軍人叛逃罪在客觀方面則表現為，在履行公務期間，擅離崗位叛逃境外或者在境外叛逃的行為。
