商標註冊在先著作權在後是有衝突的，因為著作權不可以對抗商標的在先權利，我國《商標法》所保護的在先權利是指在商標申請註冊之前即已存在並合法有效的權利。同時，當出現不同主體在相同類似商品上同日申請相同近似商標，以及以不正當手段搶先申請註冊他人使用在先並有一定影響的商標等情形時，《商標法》亦對在先使用商標提供保護，所以著作權是不可以對抗商標權的在先權利的。
二、申請註冊商標要滿足哪些條件?
(1)申請註冊的商標必須具備構成要素;
(2)申請註冊的商標應具備顯著性;
(3)申請註冊的商標不得使用法律所禁止使用的標誌;
(4)申請註冊的商標不得與他人在同一種或者類似商品或者服務上已經註冊或者初步審定商標相同或者近似;
(5)申請註冊的商標不得與被撤銷或者登出未滿一年的註冊商標相同或者近似。
三、著作權保護的條件是什麼?
1、獨創性
獨創性也可以叫做原創性，是指作品是由作者獨立創作的，是作者獨立思考和勞動的產物，即在選擇和安排文字、情節、音符、顏色、畫面、造型等方面是作者獨立而成的作品。
不具備獨創性，就不受著作權法保護。同時，著作權法只要求作品是“獨創”的，而是否“首創”的則在所不問。
2、合法性
合法性並非作品的構成要素，但它是作品受著作權法保護的前提條件。
合法性不僅要求作品內容本身沒有反動、淫穢等內容，而且不能有侵犯他人著作權的情況。如果“作品”完全是侵犯他人著作權而“創作”的，不僅不能享有著作權，而且應當承擔侵犯著作權的責任;如果作品中部分內容侵犯他人著作權，而整個作 品具有獨創性，可以就這些沒有侵權且具有獨創性的內容享有著作權。
3、可複製性
複製形式包括印刷、繪畫、攝影、錄製等。口頭作品也在受保護範圍內。
其實根據國家法律規定，作品受著作權保護的前提條件是，作品是具有獨創性的，如果商標註冊在先，那麼作者在設計作品的時候，就不能侵犯到商標權的在先權利。
