1、兩者適用的期限並不相同。商標在先權利是在他人註冊商標的申請日之前，就已經有使用的事實。這是對使用人的使用時間的要求，如果不具備這一條件，就沒有“在先使用”，也無法產生在先使用權，並以此作為侵害商標權的抗辯事由。需要注意的是，使用不僅限於現有使用人的使用，如果曾經發生過業務承繼關係的，現有使用人作為承繼人的使用當然可能性作為本條件中的使用。被承繼人先前的使用應當視為現有使用人的使用。換言之，在先使用商標的使用時間以該商標首次商業使用的時間為準。
2、兩者的內容是不同的。在先使用的商標與註冊商標相同或者近似，且使用商品或服務相同或者類似。在通常情形下，如果在先使用的商標與註冊商標在商標圖樣上不構成相同或者近似，或者使用商品不屬於相同或者類似商品，則使用人當然有權繼續使用甚至申請註冊該商標。如果在先使用的商標與註冊商標構成使用在相同或類似商品上的近似商標，依照中國《商標法》有關申請在先和註冊原則的一般規定，則未註冊商標不得繼續使用，否則會構成對註冊商標權的侵害。但法律應當維護誠信，而不應當禁止或者制裁正當使用行為，因此有必要在上述原則下創設例外之規定即商標在先使用權。
3、兩者的適用方法是不同的。在先使用人必須在其商品上連續使用該商標所謂連續使用，就是指在先使用人在其商品上連續不中斷地使用該商標。如果在先使用人在他人註冊商標的申請日之前曾有使用事實，但無正當理由而中斷使用的，不得繼續使用該商標。理由在於：第一，商標在先使用權作為註冊原則的例外，是為了保護在先使用人的利益，如果在先使用人的使用已經中斷，其就該商標不再享有任何利益，自無保護的必要。第二，如果只是曾有使用事實，在先使用人在他人商標註冊後仍可以重新使用，將會從根本上動搖商標註冊制度，不利於保護商標註冊人的利益。第三，在使用中斷後允許重新使用，不利於維護正常的公平競爭關係和維護消費者的利益。所謂正當理由，是指非因使用人主觀上的原因中斷使用。若有正當理由中斷使用的，不視為缺乏連續使用這一條件。如在先使用商標所使用的商品為季節性造成商標中止使用。
以上就是我國法律上對於商標在先權利與著作權的具體區分情況，對於商標在先使用權，應當基於實際的著作權情況來進行認定，如果對相關情況的處理不清楚的，可以聘請律師來進行合法的界定，並依據實際來進行合法的辦理。
