商標權著作權衝突是指著作權和商標權都具有合法性，在對兩者未進行協調或者處理的情況下，兩者之間可能出現的對抗。對於這樣的權利衝突，解決的基本原則是“權利在先”原則，即對在先的權利給予保護，而在後的權利可能被認定侵犯在先權利。《商標法》第31條規定的“申請商標註冊不得損害他人現有的在先權利，也不得以不正當手段搶先註冊他人已經使用並有一定影響的商標”，此處的“在先權利”，即包括了在先成立、生效的著作權。商標權與著作權是兩種不同的智慧財產權，分別由《商標法》和《著作權法》予以保護。
二、著作權與商標權的主要區別
(1)保護的目的不同
著作權保護的是在文學，藝術和科學方面所創作的作品和與此相關的權益。其目的在於鼓勵有益於社會的作品創作和傳播，促進社會文化和科學事業的發展和繁榮。
商標權保護的商標，是具有區別商品或服務來源的顯著特徵的標誌。保護的目的是為了促進生產者保證商品質量和維護商標信譽，以保障消費者的利益，促進社會商品經濟的發展和公平競爭。
(2)國家主管機關和適用法律不同
我國《著作權法》是管理著作權的基本法律。國家版權局是主管全國著作權的管理工作。
我國《商標法》是管理商標的基本法律。國家工商行政管理局商標局是主管全國商標註冊和管理的工作。
(3)時效性不同
我國《著作權法》規定，作者的署名權，修改權，保護作品完整權的保護期不受限制。公民作品的發表權，使用權和獲得報酬權的保護期為作者終生及其死亡後50年;如果是合作者作品，截止於最後死亡的作者死亡後50年。
法人或非法人單位的作品，著作權(署名權除外)由法人或非法人單位享有的職務作品，其發表權，使用權和獲得報酬權的保護期為50年。電影，電視，錄影和攝影作品的發表權，使用權和獲得報酬權的保護期為50年。作品自創立完成後50年內未發表的不再保護。
而我國《商標法》規定，註冊商標的有效期為10年，期滿可以續展註冊，而且可以無制重複申請，每次續展註冊的有效期均為10年。
在司法實踐中，商標權與著作權是存在一定的區別的，特別是兩者的法律適用，以及權利的型別和認定情況都是不同的，涉及到兩者存在衝突的情況下，應當看首先適用的權利是什麼，而對於後來適用的權利可以認定為侵權行為。
