是不一樣的，集體土地徵用中房屋拆遷與城市房屋拆遷是兩種不同性質的拆遷活動，其各自遵循不同的程式和規則來實施。由於農村與城市之間經濟發展水平差異很大，很難制定一個統一的標準，致使集體土地徵用中房屋拆遷與城市房屋拆遷在補償安置方面存在高低不等的標準。房屋拆遷補償，應當由當地的拆遷部門公告補償標準以及補償方式。房屋拆遷補償包括：房屋補償與宅基地補償。
被徵收人可以選擇貨幣補償，也可以選擇房屋產權調換。有營業執照的門面房，個體戶，經營用房應當按照商業用房性質補償。商業用房補償比住宅用房要高很多，要補償停產停業損失、裝修費用、拆遷過渡費、安置等，應積極爭取。為了國家公共利益需要，可以依法徵收集體所有的土地,並按照被徵收土地的原用途給予補償。徵收耕地的,補償費用包括土地補償費、安置補助費、地上附著物和青苗的補償費以及社會保障費。這些補償款都是村集體經濟組織所有，理應發放到村民手中。
二、房屋拆遷補償產權置換方式有哪些?
產權置換也被稱作產權調換，根據評估方法不同，有兩種置換方式。價值標準產權置換指的是依照法定程式，通過對被拆遷人房屋的產權價值進行評估，之後再以新建房屋的產權予以價值的等價置換。面積標準產權置換指的是以房屋建築面積為基礎，在應安置面積內不結算差價的異地產權房屋調換。
產權置換分為兩種形式：
1、異地安置：是指由於開發商專案不涉及住宅或由於該地塊容積率原因，不能進行回遷安置，只能選擇在其他地塊上新建安置房，再通過產權的增減儘量以等價價值做到產權置換。
2、回遷安置：是指開發商拆遷重建專案能夠完成回遷安置，通過產權置換比例完成回遷安置。
綜上所述，農村自建房被政府徵用拆遷，村民可以拿到一筆補償，在補償標準上和商品房不一樣，沒有商品房補償金額高。從補償方式上，兩者應當一樣，被拆遷方都可以選擇貨幣補償或者產權置換等方式。這裡應當注意，不管是什麼型別房屋，必須有產證才能拿到補償。
