醫療事故的行政處理是指衛生行政部門應當依照《醫療事故處理條例》和有關法律、行政法規、部門規章的規定，對發生醫療事故的醫療機構和醫務人員作出行政處理。
衛生行政部門對醫療事故爭議處理申請審查的內容主要包括以下幾方面：
(1)申請處理的醫療事故爭議，是否屬於本級衛生行政部門管轄的範圍;
(2)發生“醫療事故爭議”的醫療主體方，是否具備法定的行醫資格，對非法行醫活動引起的爭議事件衛生行政部門不能按醫療事故爭議立案受理;
(3)醫療事故爭議行政處理申請人，第一，是對患方申請人的認定，是否符合《醫療事故處理條例》規定的處理申請人資格;第二，對醫療機構申請人的認定，如果申請人是醫療機構應當出具醫療機構法定代表簽發的申請書和機構執業許可證影印件，以確認其是否為合法醫療機構;
(4)是否符合法定的申請處理時限，依據《醫療事故處理條例》規定，醫療事故爭議的處理申請，應當在知道或應當知道其身體受到傷害1年內提出，沒有正當理由在1年後提出的處理申請不予受理;
(5)醫療事故爭議處理申請有無明確的爭議相對方;
(6)是否向人民法院提起訴訟。已向人民法院提起訴訟的醫療事故爭議，衛生行政部門不予受理。
當事人有權選擇任何一種途徑解決事故爭議。醫療事故爭議發生後，當事人可以根據自己的願意，決定選擇行政處理程式，由衛生行政部門通過調解手段解決爭議;也可以直接選擇司法程式，提起民事訴訟，由人民法院解決爭議。
但是，當事人不能同時選擇兩種途徑解決醫療事故爭議。醫療事故爭議發生後，當事人不能同時選擇行政程式和司法程式解決爭議問題。只能選擇一個途徑解決雙方爭議的問題。如果當事人選擇了行政程式，行政程式並不否定當事人仍有繼續選擇司法程式的可能。
已經進入民事訴訟程式的，則不能進行行政處理。通過司法程式，是解決醫療事故爭議的最終途徑，是民事救濟的最終手段。對於人民法院發生法律效力的判決書，當事人都必須履行。
當發生醫療事故之後，可以選擇進行私下和解，或者是由衛生行政部門來進行調解或者是向法院提起訴訟，如果是已經進入了訴訟程式的話，那麼就不能再進行行政處理了。
