依照《國務院醫療機構管理條例》和《執業醫師法》給予醫療單位和直接責任人以相應的行政處罰和行政處分，它主要有：
1、財產罰。基於違法或違章行醫而致的醫療糾紛，可給予醫療單位一定數額的罰款，或沒收財產(如未達法定標準的、能嚴重影響病人安全和健康的醫療器械，各種假藥劣藥等)。
2、行為罰。符合《執業醫師法》第37條規定，情節較重的，或由於醫院嚴重管理混亂而致的醫療糾紛，衛生行政機關可暫扣或吊銷直接責任人的《醫師職業證書》或《護士職業證書》，暫扣或吊銷責任醫療單位的行醫許可證。
3、申戒罰。基於醫療單位管理不善而致的醫療糾紛，可給予警告、通報批評或限期改正等措施。對於醫師責任符合《執業醫師法》第37條規定，情節較輕的，可給予警告或責令暫停執業活動。
4、行政處分。直接責任人或直接負責的主管人員在醫療糾紛中負有責任的，可依責任大小比照國家公務員暫行條例，給予警告、記過、記大過、降級、撤職、開除等行政處分。
