醫療事故鑑定會由鑑定組長主持進行。鑑定由專家鑑定組組長主持，並按照以下程式進行：
一、雙方當事人在規定的時間內分別陳述意見和理由
陳述順序先患方，後醫療機構。通常情況下，醫患雙方規定的陳述時間為20-30分鐘;在對方陳述的過程中，另一方不允許發言和反駁對方的敘述。雙方的陳述都是單方的敘述，不存在類似法庭辯論的情況。因此，在鑑定會上，即便是對方敘述的經過與事實出入很大，甚至對方做虛假陳述的，也不要有過激的行為。等待專家組組長許可後，再行發言。
二、專家鑑定組成人員根據需要可以提問
當事人應當如實回答。必要時，可以對患者進行現場醫學檢查;通常情況下，在雙方當事人各自敘述完畢，補充說明後，專家組的成員會根據各自專業的情況，針對性的提出各自的問題。在鑑定會上問及醫療機構的問題，多數集中在診斷、治療、處置方式、用藥的選擇和適應症、禁忌症上。而問及患者及其家屬的問題，多數集中在既往病史、現病史、發病前情況、核實醫療機構救治的經過等方面。
三、雙方當事人退場
在雙方當事人完成上述程式後，會告知雙方當事人退場，醫學會會在約定的時間內，出具鑑定報告，並告知領取的時間。
四、專家鑑定組對雙方當事人提供的書面材料、陳述及答辯等進行討論
五、經合議，根據半數以上專家鑑定組成員的一致意見形成鑑定結論
專家鑑定組成員在鑑定結論上簽名。專家鑑定組成員對鑑定結論的不同意見，應當予以註明。醫學會參加醫療事故技術鑑定會的工作人員，會記錄鑑定會過程和專家的意見。
專家的鑑定意見和簽字記載在醫療事故鑑定的相關檔案中，患者及其家屬是看不到直接的檔案的。這樣可以依法保障專家們客觀公正的進行事故鑑定。
《醫療事故技術鑑定暫行辦法》第三十三條
