1、施工合同的效力問題;
2、合同無效是否應進行結算;
3、備案合同和“補充協議”即黑白合同不一致，在結算時應採納哪一份合同作為結算的依據問題;
4、對於建設部推薦施工合同版本通用條款中涉及的發包方逾期不結算是否視為認可送審價的問題;
5、工程款結算採取何種標準的問題;
6、訴訟中，造價司法鑑定(司法審價)的範圍;
7、關於工程質量、工期、農民工利益等問題。
《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》
第八條 承包人具有下列情形之一，發包人請求解除建設工程施工合同的，應予支援：
(一)明確表示或者以行為表明不履行合同主要義務的;
(二)合同約定的期限內沒有完工，且在發包人催告的合理期限內仍未完工的;
(三)已經完成的建設工程質量不合格，並拒絕修復的;
(四)將承包的建設工程非法轉包、違法分包的。
第九條 發包人具有下列情形之一，致使承包人無法施工，且在催告的合理期限內仍未履行相應義務，承包人請求解除建設工程施工合同的，應予支援：
(一)未按約定支付工程價款的;
(二)提供的主要建築材料、建築構配件和裝置不符合強制性標準的;
(三)不履行合同約定的協助義務的。
第十條 建設工程施工合同解除後，已經完成的建設工程質量合格的，發包人應當按照約定支付相應的工程價款;已經完成的建設工程質量不合格的，參照本解釋第三條規定處理。
因一方違約導致合同解除的，違約方應當賠償因此而給對方造成的損失。
第十一條 因承包人的過錯造成建設工程質量不符合約定，承包人拒絕修理、返工或者改建，發包人請求減少支付工程價款的，應予支援。
第十二條 發包人具有下列情形之一，造成建設工程質量缺陷，應當承擔過錯責任：
(一)提供的設計有缺陷;
(二)提供或者指定購買的建築材料、建築構配件、裝置不符合強制性標準;
(三)直接指定分包人分包專業工程。
承包人有過錯的，也應當承擔相應的過錯責任。
第十三條 建設工程未經竣工驗收，發包人擅自使用後，又以使用部分質量不符合約定為由主張權利的，不予支援;但是承包人應當在建設工程的合理使用壽命內對地基基礎工程和主體結構質量承擔民事責任。
第十四條 當事人對建設工程實際竣工日期有爭議的，按照以下情形分別處理：
(一)建設工程經竣工驗收合格的，以竣工驗收合格之日為竣工日期;
(二)承包人已經提交竣工驗收報告，發包人拖延驗收的，以承包人提交驗收報告之日為竣工日期;
(三)建設工程未經竣工驗收，發包人擅自使用的，以轉移佔有建設工程之日為竣工日期。
因此，在涉及到施工合同糾紛時，主要要考慮這個合同是否是屬於有效的合同，如果這個合同它是屬於無效的合同，但是這個合同的工程已經展開了，那麼最終雙方應當怎樣對這個工程進行結算，還有這個備案的合同和原來的原裝合同是否是屬於一份合同，是否存在著陰陽合同的情況，也是需要考慮到的問題。
