用工單位與勞務分包單位之間的合同爭議，不屬於用人單位和職工間的勞動爭議糾紛，而屬於民事合同關係，所以不能夠申請勞動仲裁，應該通過法院訴訟途徑解決。
具體的糾紛處理方式：
1、總承包企業或專業施工企業與不具備相應資質的企業簽定的勞務分包合同。
這樣的合同被認定為無效合同。合同無效後的處理：如果勞務分包企業提供勞務的工程合格，勞務分包企業依據規定，請求勞務費的應當得到法律支援。
2、總承包企業或專業承包企業與勞務分包企業以勞務分包合同的名義簽訂的實質上的工程分包合同。
有的可能會被認定為工程分包合同，那麼就要按照工程分包合同的權利義務，來重新確認雙方的權利義務。
3、工程分包企業以勞務分包合同的名義與勞務分包企業簽訂的實質上的工程再分包合同。
這種合同將被認定為無效。工程分包企業因此種行為取得的利潤將被法院收繳，或者由建築行政管理機關作出同樣的收繳處罰。
【法律依據】
根據《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件的適用法律問題的解釋》第2條規定：建設工程施工合同無效，但建設工程經竣工驗收合格，承包人請求參照合同約定支付工程價款的，應予支援。
