建設工程合同糾紛處理流程如下：
1、嚴格招投標和承發包程式，優選施工單位，嚴格控制工程分包和轉包。
2、建設前期加強立項管理，打足投資，保證歸口使用資金80%以上存入銀行，專款專用。
3、加強合同和資訊管理，簽定協議儘量採用規範的合同示範文字，對附加條款要仔細推敲，諮詢有關專家，請專家給予指導。
4、嚴格進行工程變更把關，嚴禁通過設計變更擴大建設規模，增加工程內容，提高建設標準，對必須變更的，應先做工程量和造價增減分析。
5、加強隱蔽工程的檢查驗收，完善隱蔽工程現場簽證手續。
6、及時解決工程中的索賠問題。
7、結算時，力爭不漏算，不錯套定額，不亂取費，並委託具有資質的造價諮詢機構進行結算、委託資深望重的造價工程師主持結算工作。
8、進一步規範業主、承包商、政府行政管理部門的行為，不瞎指揮。
【法律依據】
根據《民法典》第798條規定：隱蔽工程在隱蔽以前，承包人應當通知發包人檢查。發包人沒有及時檢查的，承包人可以順延工程日期，並有權請求賠償停工、窩工等損失。
