兩者的主要區別：上訴必然引起二審程式;但申訴僅是提起審判監督程式的重要材料來源，是否能夠引起審判監督程式必須由司法機關對申訴材料進行審查、確認生效裁判確有錯誤、並符合法律規定的重新審判的條件，才能開始審判監督程式。其次，上訴的提起必然阻止一審判決、裁定發生法律效力;申訴則不相同，申訴的提出不能停止判決、裁定的執行。申訴和上訴還有以下的區別：
(一)物件不同：申訴的物件是已經發生法律效力的判決、裁定;而上訴的物件是尚未發生法律效力的一審判決、裁定。
(二)期限不同：對於申訴刑事訴訟法沒有規定期限，但最新的司法解釋了申訴的期限一般為刑罰執行完畢2年內;而對於上訴法律規定了期限。
(三)主體範圍不同：申訴的主體是當事人及其法定代理人、近親屬;上訴的主體是被告人、自訴人、附帶民事訴訟當事人及其法定代理人、經被告人同意的被告人的辯護及及近親屬。
(四)受理的機關不同：受理申訴的機關既包括原審人民法院及其上級人民法院，也包括與上述各級人民法院對應的人民檢察院;而受理上訴的機關只能是原審人民法院及其上一級人民法院。
(五)後果不同申訴只是提起審判監督程式的一種材料來源不能停止生效判決、裁定的執行;而上訴必然引起二審程式導致一審判決、裁定不能生效，經過兩級人民法院審理後的案件當事人不服仍然不服的按申訴處理，對當事人申訴的案件經過兩級人民法院處理後當事人仍堅持申訴，沒有新的證據人民法院不再受理。
由此可見，刑事申訴和上訴是兩個不同的概念，兩者之間在物件、提起主體、受理機關以及提起的期限和需要承擔的法律後果上都是具有明顯區別的，上訴必然引起二審程式阻止一審裁決、裁定發生法律效力，而申訴主要針對已經生效的刑事判決來申請重新審批。
