合同房屋差價損失計算方式有：雙方當事人對房屋升值的差價損失能夠通過協商確定的，則按照其約定；不能協商確定的，可比照最類似房屋的市場成交價與買賣合同成交價之差確定房屋升值的損失；無最相類似房屋比照的，可通過專業機構評估確定房屋升值的差價損失。
法律依據：
《最高人民法院關於審理商品房買賣合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》第八條
具有下列情形之一，導致商品房買賣合同目的不能實現的，無法取得房屋的買受人可以請求解除合同、返還已付購房款及利息、賠償損失，並可以請求出賣人承擔不超過已付購房款一倍的賠償責任：
(一)商品房買賣合同訂立後，出賣人未告知買受人又將該房屋抵押給第三人;
(二)商品房買賣合同訂立後，出賣人又將該房屋出賣給第三人。
