股東出資瑕疵的民事責任可分為兩類：
一是有出資瑕疵的股東對公司以及其他股東承擔的民事責任，屬違約責任;
二是有出資瑕疵的股東與其他股東對公司債權人的民事責任，即股東違反出資義務，對公司債權人造成損害時，股東對公司的債權人應當承擔的民事法律後果。
1、出資瑕疵股東應當承擔繼續履行出資義務的責任。股東不按期繳納出資的，必須繼續履行足額繳納公司章程中規定的自己所認繳出資額的義務，即使法院受理了公司的破產申請，破產管理人仍然應當要求該股東補足出資，不受出資期限的限制。
2、出資瑕疵股東應當對其他按期足額出資的股東承擔違約責任。不按照約定履行出資義務，已構成違約，無論公司成立與否，都構成對按期足額出資的股東的違約;如果公司已經設立，出資瑕疵股東的行為同時侵犯了公司的財產權利。公司章程中應當明確規定瑕疵出資的構成條件、承擔違約責任的形式、賠償責任。
公司發起人要對公司出資的充實承擔擔保責任，確保公司資本的充足和可靠，這是保證公司人格健全的第一需要。資本充實責任就是指為貫徹資本充實原則，由公司發起人共同承擔的相互擔保出資義務履行，確保公司實收資本與章程所定資本一致的民事責任。根據資本充實責任，出資瑕疵股東與公司其他股東之間存在繳納擔保責任、差額填補責任、損害賠償責任。
繳納擔保責任是指股東未繳納股款或交付實物的，由發起人承擔連帶繳納股款或交付未繳付財產價款的義務，這在《公司法》第九十四條股份公司當中得到確認，但在有限責任公司中並沒有規定。
差額填補責任是指如果出資實物的實際價款顯著低於章程所定價款時，出資人承擔補足出資的責任，公司設立時的股東承擔連帶責任，這在《公司法》第三十一條、九十四條規定的有限責任公司和股份公司相同。
損害賠償責任是指股東因出資不符章程約定給公司造成損害承擔賠償責任，其他股東承擔連帶責任。設立時股東為出資瑕疵股東承擔連帶責任的範圍也當然包括對公司造成損害的賠償責任範圍。替出資瑕疵股東承擔責任的股東可享有追償權。
對於股東出資瑕疵，可能會導致公司無法成立，適用對股東出資瑕疵不履行出資義務或者撤回全部出資的，經公司催告或者退還後，公司未在合理期限內繳納或者退還的，在股東大會決議取消股東資格。
