無效。土地的使用許可權是有限的，其使用也是需要遵循相關的法律制定才可以，否則其簽訂的協議以及合同都是不具備法律效益的。小產權房沒有國家頒發的土地使用證和預售許可證，且購房合同在國土房管局不會備案。其所謂的產權證也不是真正合法有效的產權證。
《經濟適用住房管理辦法》
第三十條規定：經濟適用住房購房人擁有有限產權。購買經濟適用住房不滿5年，不得直接上市交易，購房人因特殊原因確需轉讓經濟適用住房的，由政府按照原價格並考慮折舊和物價水平等因素進行回購。購買經濟適用住房滿5年，購房人上市轉讓經濟適用住房的，應按照屆時同地段普通商品住房與經濟適用住房差價的一定比例向政府交納土地收益等相關價款，具體交納比例由市、縣人民政府確定，政府可優先回購;購房人也可以按照政府所定的標準向政府交納土地收益等相關價款後，取得完全產權。上述規定應在經濟適用住房購買合同中予以載明，並明確相關違約責任。
