總的來講，要防範工程款糾紛應從以下幾個方面入手
1、慎重選擇合作伙伴。隨著市場競爭的日趨激烈，一些承包企業很難攬到工程，所以對工程專案格外珍惜，這容易形成一種志在必得的心理，這種心裡促使對合作夥伴誠信度考察的忽視，則往往落得幹了活拿不到錢的結局。慎重選擇合作伙伴是非常重要的，合作伙伴的資信能力對承包企業的權利實現是至關重要的，故必須對合作夥伴的情況要有所瞭解，主要包括合作伙伴的股東構成，企業信譽如何，有無違約記錄，對外負債，主要固定資產現狀如何，專案資金的來源、到位及監管情況等等。
2、審查建設手續。有些建設工程專案未經有關部門審批或者建設方的建設意圖超越審批範圍，如果承包方不問青紅皁白匆忙承建此工程很可能陷於困境，為以後索要工程款造成障礙。例如，規劃部門規劃建五層，而發包方卻想建到五層以上，這樣，如果承包方按發包方意圖建設，建設過程中很可能遭到規劃部門勒令停工，承包方勢必進入僵局。再如，規劃部門規劃建五層，這樣，如果承包方按發包方意圖把樓建設到五層以上，事後，該工程被城建規劃部門勒令拆除，承包方主張五層以上部分的工程款就有了難度。
3、請專業人員把好合同關。合同是承包方實現權利的最重要的憑證，合同是否規範、表達是否準確、嚴密、詳細對承包人來講十分關鍵。有的人常常認為施工合同都是格式文字，沒有什麼可以發揮的。其實，這種認識是不正確的，建設部推薦的格式文字是為了雙方訂立合同方便、規範，但格式合同裡是很多可以選擇的條款，並且有些是空白條款待當事人根據自己的具體情況填寫。簽訂合同時一定要特別注意把工程款的支付方式、支付期限及違約責任約定清楚。
4、完善施工手續。相當一部分工程款糾紛的承包方由於手續不完善，無法取得證據，給對方可乘之機。這種情況下處理糾紛就很被動。故施工過程中，手續一定要完備。比如，工程圖紙設計的更改、選材的變更、施工專案的增加等變簽單一定要有對方施工代表、監理的簽字。
