拆遷協議有糾紛能辦房產證。
【法律依據】
《城市房地產管理法》第六十一條，以出讓或者劃撥方式取得土地使用權，應當向縣級以上地方人民政府土地管理部門申請登記，經縣級以上地方人民政府土地管理部門核實，由同級人民政府頒發土地使用權證書。在依法取得的房地產開發用地上建成房屋的，應當憑土地使用權證書向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請登記，由縣級以上地方人民政府房產管理部門核實並頒發房屋所有權證書。房地產轉讓或者變更時，應當向縣級以上地方人民政府房產管理部門申請房產變更登記，並憑變更後的房屋所有權證書向同級人民政府土地管理部門申請土地使用權變更登記，經同級人民政府土地管理部門核實，由同級人民政府更換或者更改土地使用權證書。法律另有規定的，依照有關法律的規定辦理。
