1、罪與非罪的界限
本罪是一個選擇性罪名，行為人只要實施組織、領導、參加恐怖組織行為之一的即構成本罪。司法實踐中，對於參加恐怖組織罪而言，行為人必須明知是恐怖組織而自願參加，方可構成本罪。也就是說，對於那些不明真相、受騙上當而參加恐怖組織，一經發覺就表示並實際上與其脫離關係的人，則不能認定其構成參加恐怖組織罪。但是，如果行為人最初因受騙而參加恐怖組織，後來明知恐怖組織的性質後仍然不退出，甚至積極進行恐怖活動的，則當然構成本罪。
2、本罪與組織、領導、參加黑社會性質組織罪的界限
組織、領導、參加黑社會性質組織罪，是指組織、領導、參加以暴力、脅迫或者其他手段，有組織地進行違法犯罪活動，稱霸一方，為非作惡，欺壓、殘害群眾，嚴重破壞經濟、社會生活秩序的黑社會性質的組織的行為。兩罪在客觀方面的行為方式非常相近，恐怖組織與黑社會性質組織都是犯罪組織，並且在人員構成、犯罪方式、活動形式等方面也非常相似。
但兩者有著顯著區別:
(1)類罪名不同。組織、領導、參加恐怖組織罪是危害公共安全的犯罪;而組織、領導、參加黑社會性質組織罪是破壞社會管理秩序的犯罪。
(2)組織、領導、參加的犯罪組織不同。恐怖組織一般政治色彩較濃，具有一定的政治目的;黑社會性質組織更多是為了追求非法的經濟利益，主要構成對經濟、社會生活秩序的嚴重破壞。
