一、罪與非罪
1、區分罪與非罪的界限，主要看情節是否嚴重。尚未達到嚴重程度的，不應作為犯罪論處，構成犯罪的，也只限於追究首要分子和其他積極參加者的責任。對一般參加者，可酌情予以批評教育或適當的違紀、違法處理。
2、聚眾衝擊國家機關罪與群眾鬧事的界限。對於因領導上的官僚主義，對涉及群眾利益的事處理不當，或者工作上的失誤，以致引起群眾鬧事的，主要靠改進工作和說服教育，不能動輒以犯罪論處。但對於借群眾鬧事之機，煽動群眾，提出無理要求，破壞社會正常秩序，符合《刑法》第290條規定的，應以聚眾擾亂社會秩序罪依法追究刑責任。
二、此罪與彼罪
聚眾衝擊國家機關罪與妨害公務罪的界限。
兩者的區別：
(1)侵犯物件不同。聚眾衝擊國家機關罪以國家機關為侵犯物件;後者以個別正在依法執行職務的國家工作人員為侵害物件。
(2)犯罪方法不同。聚眾衝擊國家機關罪可以採用暴力、威脅的方法，也可以採用非暴力非威脅的方法如起鬨鬧事;後者一般只限於使用暴力、威脅的方法。
(3)犯罪形式不同。聚眾衝擊國家機關罪要求聚眾形式;後者不要求具備聚眾形式。
