專利權糾紛應當由人民法院直接受理，對於專利權歸屬糾紛案件，屬於人民法院管轄範圍的，當事人可以直接向人民法院起訴，專利權糾紛案件一般應當由被告所在地中級人民法院審理，
(一)人民法院可以直接受理
專利申請權糾紛、專利權歸屬糾紛案件均屬於專利糾紛案件，屬於人民法院的受案範圍。對於這類糾紛，當事人可以向專利管理機關請求調解，也可以直接向人民法院起訴，而不是必須先向專利管理機關請求處理，不服行政機關作出行政決定的再向人民法院起訴。專利管理機關處理專利申請權糾紛和專利權歸屬糾紛不是訴訟的前提和必經程式。人民法院不應以當事人未先向專利管理機關請求處理，而拒絕受理專利申請權糾紛和專利權歸屬糾紛案件。
(二)有管轄權的人民法院
人民法院對專利權屬糾紛案件的管轄，應按照最高人民法院有關專利案件管轄分工的規定執行，即可以作為第一審法院的是：①各省、自治區、直轄市人民政府所在地的中級人民法院;②各經濟特區的中級人民法院;③各省、自治區高階人民法院根據實際需要，報經最高人民法院同意，指定的中級人民法院。各省、自治區、直轄市高階人民法院為第二審法院。
(三)關於地域管轄
對於專利權屬糾紛案件，在地域管轄分工上應當依據被告所在地人民法院管轄的原則。有人認為，將本來不歸屬於自己的發明創造申請了專利，也是一種侵權行為，因此，可以按照侵權行為地確定管轄法院。這種認識顯然不妥，在專利權屬最終歸屬尚未明確的情況下，根本談不上侵權，因此，不應按侵權行為地確定管轄。也有人認為，專利權是國務院專利行政部門授權的，將來法院確權後仍要由國務院專利行政部門作出變更，因此，應當歸國家智慧財產權局所在地的法院管轄，這種認識也是不妥的。因為，這種糾紛是一種純民事爭議，最終權利歸屬明確之後，國務院專利行政部門也是根據當事人提出的變更申請、依
據法院生效的專利權屬判決作出權利主體的變更，這一行為與法院的管轄權分配毫無關係。
(四)特例情況
在實踐中出現了一些特殊情況，在確定管轄權時應引起注意。
第一種情況，兩個訴訟當事人主體均屬中國人，但爭議的專利權是外國專利權。如某個人將本屬於單位的職務發明創造，揹著單位申請了非職務發明創造，隨後又通過國務院專利行政部門的PCT申請，將該發明創造在外國申請了專利，之後，又將在中國的專利申請放棄。當其單位發現時，該發明創造在中國並無專利權產生，卻獲得了外國專利權。單位要爭奪該專利權，就涉及中國法院可否管轄及如何確定管轄權問題。
首先，中國的法院對此應當具有管轄權。雙方當事人是中國人，爭議的發明創造是在中國完成的，並首先申請了中國專利，為此發生爭議，中國法院當然有管轄權。
其次，上述爭議屬於專利權歸屬糾紛，是專利糾紛的一種，應當按照最高人民法院關於專利案件實行特別指定管轄的規定決定。
再次，在地域管轄上，仍然應當找被告所在地確定管轄法院。即由個人的長期居所、
專利權糾紛應當在被告居住的人民法院提起訴訟請求，不能在侵權行為發生地人民法院提起訴訟，人民法院不能以當事人未向專利機關報告處理為由拒絕受理專利權屬案件，專利管理機關處理專利申請權糾紛不是訴訟的前提和必經程式。
其實對於專利權侵權的糾紛解決來說，此時是有很多途徑的，但是無論是通過人民法院的訴訟處理，還是通過行政機關的介入、雙方當事人之間的協商，此時都是要求被侵權的行為人提供有關的證據的，此時也是為了更好的確定侵權，準確及時地處理糾紛。
