一、廠房違法建築強拆程式是否合法
首先，要審查違法建築認定的合法性，按照現行法律的規定，只能是市縣人民政府的規劃建設主管部門認定廠房屬於違法建築，否則就涉嫌主體不適格。
其次，要審查行政機關在認定、拆除違法建築之前是否盡了調查義務。
根據《中華人民共和國行政處罰法》第36條的規定，行政機關在認定、處理違法建築之前應該進行調查，比如確切的違法建築面積、建築時間、相應證據如照片等，否則就是違法。
次之，充分利用公民陳述申辯的權利，《中華人民共和國行政處罰法》第31條、41條的規定，行政機關在處理之前應該給予公民合理的陳述、申辯的權利，否則就剝奪了公民的權利。具體在案件中，就是是否在認定、處理違法建築前通知公民進行陳述、申辯，是否給予了合理的時間等。
最後，如果廠房以違法建築的名義被拆除，那麼針對於強拆的行為，可以通過行政複議或者行政訴訟等途徑來進行救濟。如果強拆行為不具備前面的合法的認定違法的依據和法定程式來進行拆除的話，那麼它的這個強拆的行為可能涉嫌違法，可以通過法律途徑來救濟。
法律依據：
《中華人民共和國城鄉規劃法》第四十條
在城市、鎮規劃區內進行建築物、構築物、道路、管線和其他工程建設的，建設單位或者個人應當向城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府申請辦理建設工程規劃許可證。
申請辦理建設工程規劃許可證，應當提交使用土地的有關證明檔案、建設工程設計方案等材料。需要建設單位編制修建性詳細規劃的建設專案，還應當提交修建性詳細規劃。對符合控制性詳細規劃和規劃條件的，由城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府核發建設工程規劃許可證。
城市、縣人民政府城鄉規劃主管部門或者省、自治區、直轄市人民政府確定的鎮人民政府應當依法將經審定的修建性詳細規劃、建設工程設計方案的總平面圖予以公佈。
二、相關部門對違建進行查處的階段
通常情況下，相關部門對違建進行查處，要經過以下幾個階段。
1、立案及調查認定階段。在接受舉報或者走訪調查過程中，相關部門認為建築可能存在違法問題並依法立案後，要對違建的形成時間、形成原因、結構面積用途、權利歸屬等具體情況進行調查問詢，確認其是否確實存在違反相關法律規定的問題，以及是否以及經過了行政處罰及補正程式等。
2、作出處罰決定階段。如果在調查認定過程中，相關部門認定建築確屬違建，下一步就要作出書面的責令限期拆除決定書，送達當事人，給當事人時間和機會自己拆除違法建築。當事人在這個階段如果有異議，可以行使自己的救濟權利，提起行政複議或行政訴訟。
3、催告階段。如果在法定期限內，當事人既沒有自行拆除違建，也沒有啟動法律程式主張異議，那麼相關部門就要開始準備代為拆除。在正式強拆前，行政機關要先製作書面的催告文書送達當事人，聽取當事人的陳述申辯，尊重當事人在這一階段行使法律救濟權利。
4、強制執行階段。如果催告文書送達後，當事人仍舊沒有履行限拆決定，行政機關可以依法作出強制拆除決定，送達當事人並依法進行公告。如果法定期限內當事人沒有啟動行政複議或行政訴訟等法律程式維權，則行政機關可以在許可權範圍內依法對違建實施強制拆除。
綜上，廠房違法建築強拆程式一般是合法的，依據城鄉規劃法的規定，行政強制拆除的程式一般先對違章建築進行認定，責令當事人拆除，當事人逾期不拆除的，採取強制措施。
