《土地管理法》第十六條規定的非常明確，土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決;協商不成的，由人民政府處理。《農村土地承包經營糾紛調解仲裁法》第七條也規定，村民委員會、鄉(鎮)人民政府應當加強農村土地承包經營糾紛的調解工作，幫助當事人達成協議解決糾紛。
因此，發生土地糾紛，首先想到的是基層組織，也應該充分相信基層組織。因為農村土地方面的糾紛，都是村委會發包，交換變更也應通過村委會，他們對實際情況瞭解最清楚，對糾紛對錯最有話語權，相信他們能夠依法依規調解解決。
1、申請糾紛仲裁，依據事實裁決。
土地矛盾糾紛申請仲裁分兩種型別。一種是農村土地承包經營方面的矛盾糾紛，這種糾紛依據的是《農村土地承包經營糾紛調解仲裁法》，需要到辦公室設在縣級農業部門的仲裁委員會提出仲裁申請。仲裁委員會受理後會在規定時間內開庭裁決，可以在開庭過程中充分發表意見、陳述事實和理由、提供證據、進行質證和辯論，仲裁庭會依據實事和法律作出裁決。
另一種是其它方面的土地權屬爭議，這種依據的是國務院《土地權屬爭議調查處理辦法》，需要到縣級國土資源部門提出矛盾解決申請，國土資源部門受理後會對相關情況進行全方面調查，並依法擬定處理意見，報同級政府作出處理決定。
2、堅決訴諸法律，依法解決問題。
但是並不是所有的土地問題都不可以去法院，訴訟仍是解決土地矛盾糾紛的最強方式。根據《最高人民法院關於審理涉及農村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》第一條規定，下列涉及農村土地承包民事糾紛，人民法院應當依法受理：
(一)承包合同糾紛;
(二)承包經營權侵權糾紛;
(三)承包經營權流轉糾紛;
(四)承包地徵收補償費用分配糾紛;
(五)承包經營權繼承糾紛，但前提是必須取得土地承包經營權。另外，如果對土地承包經營仲裁委員會作出的裁決或對政府作出的土地權屬決定不服，可以依法向法院提起行政訴訟，也就是可以狀告有關部門，這時也可以附帶民事訴訟，法院就會把土地糾紛問題一起審理了。
3、遇事寬巨集大量，讓他三尺何妨。
“千里修書只為牆，讓他三尺又何妨?萬里長城今猶在，不見當年秦始皇。”這首大家耳熟能詳的詩句，出自於我國古代一個解決農村宅基地糾紛的經典故事，這個故事對於解決今天的土地矛盾糾紛一樣仍然很適用。仔細想一想，土地矛盾糾紛大多發生在鄰里之間、親友之間，有的還可能是兄弟之間、父子之間，土地權屬問題本身就比較複雜，有的時候真的很難說清，爭來爭去，時間也浪費了，親情也沒了，土地也荒了。
因此，對於小的矛盾糾紛，還是要能讓一步就讓一步，能忍則忍，並且對於土地徵收中的安置補償，還應該為國家集體多考慮一些，多為社會發展做出貢獻，只有國家經濟發展了，所在城市發展的好，才會對自己有好處。因此說，退一步天高地厚，千萬不要爭得死去活來。
綜上所述，農村土地所有權糾紛的解決辦法主要根據實際情況進行，大多數糾紛主要依靠基層通過協調的方式解決，依靠政府，少部分需要通過申請仲裁等法律途徑進行解決。總的來說，如果的確情節較為嚴重，一定要通過法律途徑進行維權，如果情節較輕，主要依靠協商。
