商鋪拆遷轉讓合同糾紛的處理方式主要有以下幾種：
(一)協商
當事人自行協商解決合同糾紛，是指合同糾紛的當事人，在自願互諒的基礎上，按照國家有關法律、政策和合同的約定，通過擺事實、講道理，以達成和解協議，自行解決合同糾紛的一種方式。
合同簽訂之後.在履行過程中，由於各種因素的影響容易產生糾紛，有了糾紛應當從有利於維護團結、有利於合同履行的角度出發，懷著互讓、互諒的態度，爭取在較短的時間內，通過協商求得糾紛的解決。對於合同糾紛，儘管可以用仲裁、訴訟等方法解決。但由於這樣解決不僅費時、費力、費錢財，而且也不利於團結，不利於以後的合作與往來。用協商的方式解決，程式簡便.及時迅速，有利於減輕仲裁和審判機關的壓力，節省仲裁、訴訟費用，有效地防止經濟損失的進一步擴大.同時也有利於增強糾紛當事人之間的友誼，有利於貢固和加強雙方的協作關係，擴大往來，推動經濟的發展。由於這種處理方法好，在涉外經濟合同糾紛的處理中，也相當盛行。
(二)調解
合同糾紛的調解，是指雙方當事人自願在第三者(即調解的人)的主持下，在查明事實、分清是非的基礎上，由第三者對糾紛雙方當事人進行說明勸導，促使他們互諒互讓，達成和解協議，從而解決糾紛的活動。
(三)仲裁
仲裁也稱公斷。合同仲裁，即由第三者依據雙方當事人在合同中訂立的仲裁條款或自願達成的仲裁協議，按照法律規定對合同爭議事項進行居中裁斷.以解決合同糾紛的一種方式。仲裁是現代世界各國普遍設立的解決爭議的一種法律制度、合司爭議的仲裁是各國商貿活動中通行的慣例。
(四)訴訟
合同在履行過程中發生糾紛後.解決爭議的方式有4種：即當事人自行協商解決，調解仲裁和訴訟。其中，仲裁方法由於比較靈活、簡便，解決糾紛比較快，費用又比較低，所以很受當事人歡迎。但是，如果當事人一方不願仲裁,則不能採用仲裁的方式、而只能採用訴訟的方式來解決雙方當事人之間的爭議。所以，訴訟是解決合同糾紛的最終形式。
二、店面轉讓合同糾紛有哪些
商鋪的轉讓合同，常見的事項除了主體之外，主要是：承租的地點、面積、租金、租金遞增的比例及時間點、租賃保證金或者履約保證金、違約金、合同解除權、違約責任、糾紛處理途徑、拆遷賠償問題等。
1、關於承租的地點，該事項的約定，一方面涉及約定法院管轄時的選擇問題，另一方面如是招商階段還涉及出租人變更具體的店面時，相對應的違約條款設計問題。
2、關於租金遞增以及時間點的問題，這裡需要關注的是遞增的基數，是以月租金還是季度租金還是年度租金為計算基礎。而遞增比例及時間點，明確約定好則承租人可以預估租賃合同履行的成本及收益問題，從而對於承租的投資是否可行作出預估。
3、關於租賃保證金或者履約保證金，一般是確保承租人依約履行合同的保證金，針對的是承租人單方違約或者損壞店面或者違反物業管理規定等，該點要詳列部分情況下做好兜底條款的設計。
4、關於拆遷賠償問題，為何需要提及該問題，理由是按照《國有土地上房屋徵收與補償條例》的規定，房屋的徵收及補償僅針對房屋的所有權人，也就是說，一旦承租的店面發生徵收，則國家是不對承租人進行補償的，該問題將由房屋的所有權人與承租人自行處理。
《國有土地上房屋徵收與補償條例》第十七條的規定，其中對房屋所有權人的徵收補償就包括“因徵收房屋造成的停產停業損失的補償。”因此，承租人必須與出租人對可能發生的徵收補償時如何處理雙方的關係作出約定，因為一旦發生徵收事件，則租賃合同無法繼續履行，承租人最好選擇出租人價值補償，補償的範圍包括預期經營利益的損失、裝修折舊損失、搬遷費用等，同時需要將前述範圍具體化、數值化便於後期操作。
在現實生活之中，店面轉讓合同糾紛還是比較常見的，對於糾紛當事人來說，在糾紛發生之後，首先可以判斷具體是什麼原因導致了糾紛的發生，之後可以選擇適宜的、對自己較為有利的方式來處理糾紛。
