員工緊急離職不應該扣工資，但是員工應該對此造成的損失負賠償責任。因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。
【法律依據】《工資支付暫行條例》第十六條規定，因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除後的剩餘工資部分低於當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。
