第一，主體資格不同。追索勞動報酬的主體一方是企業或組織，另一方是勞動者個人。勞務合同的主體雙方可以同時是法人、組織或者個人。
第二，主體性質及關係不同。追索勞動報酬糾紛的雙方主體不僅提供勞務，還需要服從用人單位的管理與安排，遵守用人單位的各項規章制度。勞務合同主體雙方僅存在勞務關係，一方提供勞務，一方支付報酬。
第三，調整的法律不同。追索勞動報酬糾紛主要適用《勞動法》和《勞動合同法》規範調整，勞務合同該糾紛案件則適用《侵權責任法》等予以調整。
第四，接受勞務一方的義務不同。追索勞動報酬糾紛案件中，用人單位必須履行的法定義務是為勞動者繳納相關社會保險，此為法律中的強行性規定，雙方對此不得協商、變更，如用人單位不履行上述義務，提供勞務的一方可追究其民事責任和行政責任。勞務行政部門也可以行使行政職權，對相關用人單位作出警告、罰款等行政處分。勞務合同中，接受勞務一方並無此義務，雙方對此可自由約定，如果接受勞務一方違約，產生相應的違約或侵權責任。
第五，處理糾紛的方式不同。追索勞動報酬糾紛案件中，雙方如對相關費用已經結算，則可直接向人民法院提出訴訟，否則須先到勞動仲裁委員會申請仲裁，勞動仲裁是前置程式，不服仲裁裁決的可以在法定期間內向人民法院提起起訴。而勞務合同糾紛出現後，雙方當事人可以協商解決，也可直接向人民法院提起訴訟。
